秘密潜入2中继续讲述为秘密组织IGI工作的前SAS队员大卫琼斯（David Jones）的故事，游戏的剧情开始于一代游戏结束不久。这次他将会负责调查一起牵涉全球范围的黑市军火交易，新的冒险中玩家将再次随同琼斯一起揭开事实的真相，粉碎敌人的阴谋以及拯救整个世界。
美国方面的情报显示俄罗斯黑手党参与了窃取高级技术调查研究成果。IGI 1中琼斯的搭档恩雅小姐受伤，于是由IGI总部新调来的菲利普·怀特配合琼斯工作，他们的任务是对俄罗斯黑手党的军火买卖展开调查。
前3关任务是进入喀尔巴阡山脉的（气象站）研究实验室找到一个微晶片原型。由于琼斯找到微晶片不是原型，是个改良版本，于是琼斯去乌克兰边境炸桥（4）阻止运送EMP晶片护送车队，并截获电磁脉冲晶（5），由此追踪到生产工厂，去搞到芯片的蓝图，得到电磁脉冲技术，入侵电脑主机上传病毒，毁坏生产设备（6）。
怀特拿到琼斯搞到的EMP芯片蓝图后和奎斯特凶相毕露（原来怀特和奎斯特是潜伏在IGI总部的间谍），用手枪逼琼斯跳下飞机（7）。琼斯和总部联系后得知落在罗马尼亚边界，定位电脑摔坏了，用无 线电发送机发信号，救援直升机在边境外接应了他。
怀特和奎斯特的来历无法查清，但他们如此用心良苦打入IGI内部显然有巨大的阴谋，不过IGI总部发现他们曾经和军火贩子雅克·普列波伊有过联系。普列波伊是琼斯的一个老朋友（一代里琼斯和普利波伊有过交往）。他被指控贩卖武器给反抗军，正被囚禁在利比亚情报总部。琼斯前往利比亚在码头和接应的人接头后，炸毁停在广场上的油罐车转移敌人视线，去救普利博，不想双双被捕（8）。
两人被押往沙漠深处的监狱途中普利波伊告诉琼斯怀特等人订购了一架水上飞机，这架飞机停在埃及的某个港口，但具体地点普列波伊也记不清了，必须要到他的别墅中查看有关文件。琼斯从牢房中逃脱，取回地图电脑和开锁工具，在监狱二楼中找到普利博，掩护普利博乘卡车撤退（9）。在沙漠里跑了没多久卡车就抛锚了，普列波伊中枪的大腿也流血不止，幸好离别墅已经不远，货运票据就在卧室保险箱。自从他们抓住普利博之后，萨伊德少校的人就使用了普利博的别墅，琼斯单枪匹马摸了过去，从磁盘里面拷贝一个备份，开着豪华轿车离开（10）。原来普列波伊的手提箱被合伙人扎拉比拿走，为了追回其中的重要资料，两人乘坐豪华轿车来到萨伊德少校的秘密机场准备搞架飞机（11）。
普列波伊还是个技术高超的飞行员，他驾驶直升机飞向扎拉比的老巢，琼斯在后舱掌管那挺M2重机枪，来到扎拉比的军事基地。杀到2楼一间有办公桌的房子里，扎拉比在M2的点射中归天了。拿取架子上普列波伊的红色手提箱（12），根据手提箱中情报，3天后奎斯特的人在红海的萨伐加港口的3号码头交货。琼斯渗入后在安全仓库中寻找电磁脉冲晶片，登上那架飞机（13）。
水上飞机把琼斯带到南沙群岛一座小岛，怀特要在这里把他偷来的EMP芯片资料卖给中国的吴兴将军，怀特把晶片送到这里表示事情并不简单。琼斯决定跟踪下去，为了避免国际争端不能让解放军按动警报开关（14）。琼斯用激光指引器为空中己方的隐形轰炸机指定目标干掉两处防空导弹发射点，在空投区域取得M82A1热像仪重型狙击步枪装备包（15）。
吴兴将军是中共当局的一名老练权力操纵者、间谍专家以及毛主席以前的私人朋友，他从中国太空飞行计划中转走了资金和研究人员。已经建好了一套装配电磁脉冲炮的卫星，他准备使用它摧毁上面的其他所有卫星，包括美国飞弹防御系统和全球定位系统。琼斯来到一座古庙（16），进入主殿后琼斯在2楼窥到怀特被毒辣的吴兴将军干掉。为了找到电磁脉冲晶片，琼斯潜入吴兴设在古庙地下的秘密实验室，完成EMP武器资料上传任务，把将军和特种兵都干掉了（17）。
进入发射基地后，琼斯渗透到飞行控制中心，破坏雷达并使用中文语音呼叫吸引技术人员出来，趁机进入。中国第一次载人太空发射的火箭将在大概几小时后发射，琼斯对导航电脑重新编写程式调整火箭的飞行计划，取得发射控制后借助电线滑向发射台（18）。接下来，切断燃料供应，在火箭顶部的电路板上安放跟踪装置 ，在控制掩体中发射火箭，带着追踪器的火箭徐徐升空，标志着将军利用EMP武器称霸世界的阴谋彻底破产了（19）。
