前半段
“生命之树”事件后，奄奄一息生命之树在朱雀和草系精灵王茉蕊儿努力恢复生机，但这次灾难刺激精灵王，他们决定集结其余精灵王伙伴。于是在六界神王帮助下，他们重新返回曾经属于他们领域“上古乐园”废墟，就是如今“上古战场”。
在上古战场，精灵王宿敌魂王与他们再次开战(余下三位精灵王们陆续出场)精灵王们为加强自身战力，唤醒五古王们魂魄，谱尼帮助他们重塑身体，开始合体精灵王计划。铸魂者首领天道魂帝目睹精灵王合体受刺激，索伦森趁他们危急时，派昔兰尼加和黎凡特前往上古乐园帮助天道魂帝他们对抗精灵王们，希望天道魂帝和四位魂王们帮助他剥离自己身上圣灵之力，在合作过程向魂王们伸自己橄榄枝。在马尔修斯力量革新同时，昔兰尼加和黎凡特在铸魂塔合体成暗影系精灵混沌魔使(后超进化成混沌魔尊)，得知这一切后索伦森很满意，直接用自己能力将铸魂塔从上古乐园搬到自己所在混沌星域，在移动过程差点将铸魂塔毁掉。在对待精灵王们和魔君索伦森态度上，四位魂王们产生分歧，异域魂王和不死魂王决定投靠索伦森，无烬魂王指出是异域魂王和不死魂王破坏铸魂者们和精灵王们和谈机会，建议天道魂帝将异域魂王和不死魂王两人逐出铸魂塔。
可惜的是，因为双属性精灵王阿尔蒂克出现，使天道魂帝认为精灵王们盗取自己劳动成果，再加上马尔修斯革新后对铸魂塔造成威胁，丝毫不弱当年，愤怒极点天道魂帝听信昔兰尼加与黎凡特两人谗言竟然将无烬魂王和白翼魂王(暗翼魂王，他翅膀原本是白色后一次大战中变成黑色)两人逐出铸魂塔，决定跟魔君索伦森合作。在昔兰尼加和黎凡特与异域魂王和不死魂王等人准备杀死无烬魂王和暗翼魂王时，阴冥妖姬挺身而出，向精灵王们发求助信号，随后赶到几位精灵王们将三人救下将昔兰尼加和黎凡特等人逐出铸魂塔，由此魂王们分裂成黑魂与白魂两派。不久后，魔君索伦森带领天道魂帝、不死魂王、异域魂王等人夺回铸魂塔，发现铸魂石已经被无烬魂王与莫妮卡毁掉，在得知想要恢复铸魂石力量，必须需要精灵们力量后，索伦森毫不犹豫将恶灵魅影与洛英冰姬杀死以此恢复铸魂石能量，当天道魂帝问索伦森为何这样做时，索伦森冰冷回答“她们只不过是工具而已”。见天道魂帝心软后，索伦森将天道魂帝击倒(虽然未将其杀死，但也从天道魂帝身上抽走不少能量以此恢复铸魂石能量)声称这是对天道魂帝惩罚。
在异域魂王与不死魂王两人帮助下，剥离自己体内圣灵之力，完全体成混沌魔君索伦森，成纯混沌系精灵，掌握混沌星域力量源泉混沌核心。开始赋予自己手下混沌之力，声称新宇宙秩序已经建立，组建混沌教派开始征服宇宙。为制裁索伦森，在这场宇宙浩劫与索伦森抗衡，从而维护秩序，谱尼组建圣灵联军，以迈尔斯和奥斯卡作先锋，精灵王们陆续加入圣灵联军，再加上陆续赶来守护者们和反抗势力，声势烜赫。谱尼超进化成圣灵谱尼，属性从圣灵系成神灵系，混沌教派积极招兵买马，一场空前宇宙秩序之争正式打响。
在混沌核心，谱尼与索伦森对峙，但索伦森未和谱尼正面对决，而是金蝉脱壳，留下一堆分身干扰他。艾恩斯为防止谱尼被妨碍，舍身抵抗混沌教派强大敌人不幸落败，后自我突破超进化成不灭艾恩斯击退与圣瞳缪斯大战混沌耶里梅斯。在上古战场千魂要塞，圣战盖亚与圣战瑞尔斯迎战X博士奥古斯特时，千魂要塞被其引爆，无数亡魂造成可怕污染，摧毁上古战场，震动席卷宇宙。圣灵联军被冲散，谱尼危机时集结一部分势力，开始建造星系隔离带，拯救宇宙苍生。
沉寂已久斯摩亚蒂带魔誓者们卷土重来，突袭归属冥帝修罗冥域，修罗大殿沦陷，至宝“逝者巨樽”沦落魔灵王手中，前来支援地系精灵王莱茵哈特被魔灵王用逝者巨樽混沌化成混沌地王莱茵哈特，被内心黑暗面完全占据，对魔灵王阳奉阴违，一同四处搜寻泰坦星域神器，甚至连泰坦星域守护者泰坦被黑化成堕落泰坦(玛法里奥决定救下泰坦，所以一击将泰坦击杀)连自己侄子布莱克不放过用逝者巨樽将其混沌化成混沌布莱克(幸亏布莱克依靠自身意志战胜黑暗面，反而将这份混沌窃取为自己所用，没有被黑化)魔灵王达不死之身愿望，但立即被创世兵魂以整个创世星能量和自己生命封印，其手下魔誓者们逃走下落不明，后被混沌地王莱茵哈特趁机反水，夺走五件神器，导致魔灵王·斯摩亚蒂魂飞魄散彻底死亡，莱茵哈特销声匿迹。另一边，索伦森给予逆势麒麟新力量(使其超进化成恐魇·逆势麒麟，后被卡修斯消灭)联合阿什坎迪击杀灵兽宫主萨尔蒙同时，混沌教派与大暗黑天达成暂时同盟。
风殇影翼·飞镰先展开行动，同时混沌魔使找邪灵王·摩哥斯，给予摩哥斯铸魂者们魂珠使其再次进化成邪灵主宰·摩哥斯，轻松打倒前来支援白虎特兰西。虎啸之林战斗中，由于飞镰先前布置陷阱，再加上摩哥斯出现，白虎很快落下风，白虎之血被飞镰夺走(白虎重伤后被混沌埃兰和混沌蒂亚斯杀死)后，飞镰在咤克斯提示在怀特星唤醒当年被雷伊、盖亚、卡修斯三人击败封印诅咒之子狄修(后狄修超进化成诅咒之神·狄修)，加上之前混沌魔使请来邪灵主宰摩哥斯，三人前往灵龟之渊围剿玄武，无奈玄武为不让自己玄武之血被大暗黑天夺走自爆牺牲，三人被玄武自爆重伤，事后混沌魔使悄然现身，从飞镰手中夺走白虎之血。若不是冥帝修罗赶到，飞镰三人他们命已休矣(摩哥斯被冥帝修罗带回大暗黑天)冥帝修罗将混沌魔使在灵龟之渊所作所为告诉其他四位长老们，天邪龙皇决定将计就计，继续和混沌教派合作，将飞镰三人隐藏起来。随后混沌魔使携白虎之血来无光黑洞，告诉五位长老们飞镰等人遇害，还希望大暗黑天派更多战力抢夺神兽之血。天邪龙皇决定自己和冥帝修罗亲自出马，天邪龙皇去卡兰星系龙游之潭抢夺青龙之血，冥帝修罗前往炫彩山夺取缚魔炉，完全体成幽冥帝尊·修罗击败卡修斯师傅炫彩山神·迪符特。天邪龙皇和艾莫莉萨在哈莫星布下阵法将哈莫雷特等人困住，随后立刻来龙游之潭。艾莫莉萨拖住卡修斯同时，天邪龙皇完全体成终末之灭·天邪龙王，将青龙打成重伤，幸好王之哈莫等人及时赶到将天邪龙王逼退(后因为青龙身受重伤需要闭关养伤将卡兰星系守护神之位交给王之哈莫)。
至此，五大星系只剩朱雀和麒麟两位神兽还能战斗。在麒麟峰前来支援爱德华·贾斯汀和英卡洛斯与诅咒之神·狄修大战将其击败，随后在破碎星域消灭燃魂巨兽，后和赛尔传送克里奥星域，在那里结识几位来自未来时空机甲精灵，开始解决虫族和植物族纷争。迪恩·卡朋与萨格罗斯潜入大暗黑天，侥幸逃脱，也使大暗黑天警惕，用结界封锁行踪，销声匿迹。
后半段
在克里奥星域苦苦寻找大暗黑天踪迹赛尔们，分别在茉蕊儿与弗里德帮助拯救杜马斯星和被大暗黑天间谍控制虫后奥佩娅，而迪恩·卡朋和英卡洛斯不幸中大暗黑天陷阱被捕。随后前往卡鲁克星，遭遇驻守克里奥星域宇宙海盗集团欧比组织。在X战队协助与宇宙海盗大战，宇宙海盗们与大暗黑天合作，以迪恩·卡朋性命要挟，逼迫卡鲁克星交至宝“卡鲁克之星”，杀死迪恩(据派特博士说，虽然残骸拼命救回，因为芯片受损严重难以复活)时空机甲托雷戴尔和伊提亚在此期间牺牲(残骸后被宇宙海盗重造巴斯蒂安)。咤克斯夺取卡鲁克之星后，完全体成厉魇魔王·咤克斯，他不择手段从克里奥星域夺来三颗星，成大暗黑天召唤被封印常长老艾夏拉法器，天蛇太祖和伊洛维奇为夺回亲人，不惜开启混沌之瞳，试图借助混沌之力强化自身力量，然而以失败告终艾夏拉选择大暗黑天一边，开启黑洞将X战队和天蛇太祖囚禁。
在五大星系战场，归属混沌教派陨星议会(实为阳奉阴违)继续他们疯狂，越来越多精灵惨遭他们屠杀，混沌教派势力不断扩大。在索伦森威逼利诱，兰蒂斯被迫带领妖族站混沌教派行列，祸乱裂空星系，神兽们击退陨星议会后，立即前往驱逐妖族，兰蒂斯体内混沌之力突然爆发，兰蒂斯和两位妖王因此快要被索伦森控制，圣灵化后莫妮卡和斯嘉丽将他们以圣灵之力暂时封印，暂时解除妖族祸乱危机。然而，混沌教派下一步计划已经展开，罗格星系、帕诺星系已经告危。在帕诺星系战场，雷伊和阿克希亚汇合，击败陨星议会扫荡之锋，随后雷伊决定前去支援其他星系，因此将挚友艾里克从沉睡唤醒过来，使帕诺星系得庇佑。同时，混沌教派大军已经集结起来，在遨天之煞带领攻打由龙族庇护卡兰星系，古老龙族延续到今，正是百废侍兴时，老一辈龙族力量已经所剩无几，新生龙族战士还未完全成长起来，状况相当危急，然而塞维尔、塔克林、塔西亚依然带必死觉悟，率领龙族勇士们与混沌教派恶战，三人最终全部战死沙场，无一生还。混沌教派与龙族叛徒哈肯萨勾结，给予其混沌之力混沌化成混沌哈肯萨，然而混沌哈肯萨很快就被哈莫雷特与赶来缪斯等人消灭，但难以战胜混沌教派大军，卡兰星系全面告危。凡尔斯化悲痛为力量超进化成擎空·凡尔斯，孤身一人讨伐混沌星域，最终获得与索伦森面对面决战时机，但因为低估索伦森实力，被索伦森轻松击败。千夜死神为救凡尔斯阵亡，索伦森利用混沌之力与千夜死神遗留兵器极夜魔镰，重造混沌千夜死神，命令其率领混沌化该隐大军，开始入侵罗格星系。
除五大星系外，泰坦星系也是暗流涌动，重伤后凡尔斯逃此处，奄奄一息时被混沌地王莱茵哈特用逝者巨樽混沌化成混沌飞王凡尔斯，沧岚闻迅赶来劝说无果后，超进化成怒涛·沧岚以一敌二，莱茵哈特妄图利用逝者巨樽将沧岚混沌化，但沧岚发动永恒之水绝技“一瞬永恒”成功逃脱。野心勃勃莱茵哈特利用逝者巨樽占领泰坦星系，但圣灵联军无暇顾及此事，谱尼在此降临战场，一方面派白魂魂王监视混沌双王动向，另一方面派圣灵化圣钢·拉乌托与圣焰·菲格罗亚加入战场。战争开始进入暂时相持阶段。
随不断击退陨星议会和混沌教派势力，圣灵联军准备将相持阶段转反攻，混沌教派明白仅仅战场取胜远远不能占领所有星域，因此找到萨奥森将其混沌化成萨里奥森，令其制造混沌魔兽，改造已经被混沌教派占领星球领土，萨里奥森在各大星系为非作歹，最终在卡兰星系被圣钢·拉乌托与圣焰·菲格罗亚截住，双方两败俱伤，落早就已经有谋反之心陨星议会手中，萨里奥森被迫与他们联手(后来利用两位神兽之子体内圣灵之力与混沌之力研究成一种全新力量虚空之力)。
隔离带处，亡魂之力污染已经基本清理干净，奥斯卡留下镇守隔离带，掩护圣灵联军撤离。阴灵魂姬潜入混沌星域刺探情报，不料被异域魂王与不死魂王捕获，在牢狱意外得知混沌教派即将全力攻打螺旋星系消息，为将情报传递出去，使铸魂一族秘术分离自己“双生之魂”鬼灵丸，令其逃出混沌星域传信。得知消息奥斯卡未选择退后一步，而是选择在此与混沌教派做最后抵挡，直面索伦森带领混沌教派大军毫无畏惧，与索伦森一对一，尽管索伦森实力已经今时不同往日，他毫不犹豫拼尽全力，以自己生命为代价击伤索伦森。索伦森退回后方阵地，逃脱鬼灵丸自此开始混入混沌教派作间谍，为圣灵联军提供情报。战争进暂时相持阶段，双方推测彼此下一步动向，同时派人手刺探情报。
在数次斗智斗勇后，双方最终集结螺旋星系，战争最终阶段即将开始，而混沌教派在魔神星(麒麟被召唤帕诺星系)发现一个神秘结界，这结界原是麒麟先祖庚辰为封印洪荒妖兽无治奇铸造(庚辰魂魄羁守于此)索伦森决定利用混沌之力对该结界进行改造，使其成一个困住谱尼“灭神结界”，只要谱尼被困便有足够机会一举夺得天下。邪魂大祭司受命与侍魂双魅改造灭神结界，捉住已经虚弱不堪洪荒妖兽无治奇，灵魂与灭神结界相依庚辰此刻复活，加入圣灵联军一方(瑞尔斯因为伤而退战)在灭神结界设立过程，索伦森首先派异域魂王与不死魂王，试图将谱尼引灭神结界，不料只引来盖亚，索伦森为不使灭神结界暴露没露面，两位魂王被盖亚消灭。然而，谱尼依旧中计被困灭神结界，与圣灵联军联系切断。
但圣灵联军未因此大乱阵脚，反而危机时，展现非凡勇气和智慧。前来支援巨石灵王帮助圣灵联军撤离，龙族军团抵挡陨星议会，雷伊组织圣灵联军部分成员，用圣灵之力“伪造”谱尼幻影，准备决战关键时刻引索伦森暂时离开魔神陵墓，为庚辰破除灭神结界争夺时间。最终决战开始，在索伦森威逼利诱下，哀伤公爵·阿洛希尔和妻子鲜血女王·蔻缇娅(只是索伦森制作傀儡)成决战混沌教派先锋战力。索伦森中“假谱尼”之计暂时离开，混沌埃兰和混沌蒂亚斯留下镇守魔神陵墓与赶来哈莫雷特和欧德奈瑞恶战，两位精灵王在此战开启新突破，混沌埃兰在圣灵联军围攻英勇就义，混沌蒂亚斯逃走。正面战场，阿萨斯和蔻缇娅联手将迈尔斯打败，得知中计索伦森急忙赶回，控制试图破封庚辰，就在千钧一发之际，谱尼居然自行粉碎灭神结界，大决战最终阶段终于开始。
谱尼和索伦森进行一对一宿命之战，索伦森感谱尼圣灵之力似乎没有想象强大，看出谱尼因为强行冲破灭神结界受重伤，力量不断流逝，于是决定采取消耗拖延战术拖垮谱尼，谱尼决定速战速决，于是爆发惊人圣灵之力。战场上，陨星议会关键时决定叛逃，退出这一场无法取胜战斗。圣灵联军经过鏖战获得胜利，阿萨斯为保护蔻缇娅义无反顾牺牲自己。混沌教派大部分主力军被圣灵联军歼灭，仅有一小部分混沌教派残党们以及混沌蒂亚斯和混沌魔尊逃走下落不明，混沌教派大势已去。就在此时，索伦森吸取被俘虏洛刹以及秩序战场混沌教派亡灵力量，对谱尼发动强大攻势，企图侵蚀谱尼，而处于重伤的谱尼，选择释放自己神灵之力。
战役结果
释放自身神灵之力圣灵谱尼，以自己剩余全部能量为代价，释放史无前例巨大力量，击败索伦森，而谱尼自己因为能量消耗殆尽化作圣灵之心(有可能还会复活)而混沌魔君索伦森身躯化成星尘，从而结束这场规模宏大战争。秩序之战结束后，圣灵联军就此解散，各自维护战后宇宙秩序。
