如果系统出现硬盘无法引导的现象，并且通过前面讲述的方法都无法解决问题，则可以判断是硬盘主引导区出现问题。以下介绍几种常见的修复方法：
通过Fdisk修复硬盘主引导区。用Windows 98启动盘启动系统后，在提示符下输入“Fdisk /mbr”命令回车即可。通过FDISK加“/mbr”参数能覆盖主引导区记录的代码区，但不重建主分区表。因此只适用于主引导区记录被引导区型病毒破坏或主引导记录代码丢失，但主分区表并未损坏的情况下。
注意：“Fdisk /mbr”命令并不适用于清除所有引导型病毒，因此要慎用。
通过Fixmbr修复硬盘主引导区。Fixmbr工具专门用于重新构造主引导扇区。该软件只修改主引导区，对其他扇区不进行写操作，其基本命令格式如下：
Fixmbrprivel[/A][/D][/P] [/Z] [/11]
/A Active DOS partition //激活基本DOS分区
/D Display MBR //显示主引导区内容
/P Display partition //显示DOS分区的结构
/Z Zero MBR //将主引导区清零
/H Help //帮助信息
用启动盘引导系统后，直接运行Fixmbr，它将检查MBR结构，如果发现系统不正常则会出现是否进行修复的提示。如果回答“Yes”，它将搜索分区，当搜索到相应的分区以后，系统会提示是否修改MBR，回答“Yes”则开始自动修复。默认状态下Fixmbr能够搜索到所有已经存在的分区，并完成修改操作。如果发现最后得到的结果不对，可以用“/Z”参数将结果清空后重新启动，这样就能还原到初始状态了。
通过“江民硬盘修复王”修复主引导区记录。首先在江民公司的网站上下载“硬盘修复王”的镜像文件及“HD.exe”文件，然后通过“HD.exe”将镜像写入江民杀毒王2003的钥匙盘中。
用该软盘启动电脑，在提示符下输入“JMHDFIX”后回车便进入了硬盘修复王的主界面。按下F1键进入“硬盘修复工具”对话框，查看硬盘的隐藏扇区，查看0面0柱1扇区主引导信息是否正常，如果在硬盘的0面0柱1扇区，没有找到关键代码(“80”、“55 AA”)，那么硬盘本身将不能引导，即使通过软盘引导后也不能进入硬盘。这时，可按下“PgDn”及“PgUp”键，在硬盘的隐藏扇区内查找关键代码。如果关键代码还存在，则程序会在表中出现闪动的红色“80”和“55AA”，并提示用户，下面还会出现“F9 = Save To Side 0 Cylinder 0 Sector 1 !!!” 提示。
按下F9键，程序会给出警告信息，按下“Y”键确认后，就可将找到的原硬盘主引导区记录覆盖到硬盘0面0柱1扇区中，然后重新引导硬盘，恢复硬盘的引导功能。
注意：当硬盘并没有出现引导区错误时，不要乱用工具软件来修复引导区。特别是“江民硬盘修复工具”这样的工具软件。如果将其用在完好的硬盘上，则可能会出现一些意想不到的问题。因此，不到万不得已，不要动用此类工具。
