奥特曼格斗进化3剧情顺序如下:
第1关:《哥尔赞的逆袭》
第2关:《影的继承者》
第3关:《黑暗的支配者》
第4关:《再见了,奥特曼》?
第5关:《怪兽殿下》
第6关:《移动要塞不能上浮》
第7关:《死斗!戴拿VS戴拿》
第8关:《奥特警备队向西出发》
第9关:《两大怪兽袭击东京》
第10关:《死刑!奥特五兄弟》
第11关:《超越奥特六兄弟》
第12关:《大沉没!日本列岛的最后之日!》?
第13关:《MAC全灭!圆盘是生物!》?
第14关:《嘲笑之眼》
第15关:《决战之日》
第16关:《高斯VS杰斯提斯 最终对决》
第17关:《世界十大据点同时侵略指令》
第18关:《怪兽标本》
第19关:《恐怖的雷德王复活宣言》
第20关:《激斗!爱迪VS赛文》