1.质地不相同：一般来说琥珀是树脂的化石所致，大多数由松科植物的树脂千万年前埋在地下石化而形成的，玛瑙是混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，属于玉髓类矿物，具有极高的收藏和投资价值，也可以作为传家宝。
2.透明度不同：琥珀和玛瑙透明度也不同，琥珀在正交偏光镜下全消光，常异常消光，琥珀的密度比重为1.08左右，而玛瑙主要有半透明或者不透明状态，透明度不高，密度是在2.65左右，同体积下玛瑙的重量也会高于琥珀。
3.成分不相同：虽然琥珀和玛瑙都属于市场上很珍贵的宝石，但它们的成分却是不同，琥珀的主要成分是铝、镁、钙、硅等，还含少量的硫化氢，而玛瑙的主要成分是二氧化硅，属于石英石的一种，因含有透闪石而透明度高。
3.化学上不同：琥珀的化学分子式C10H16O，此外还含少量的硫化氢，微量元素种类有铝、镁、钙、硅等；玛瑙主要成分为二氧化硅，由于与水化二氧化硅（硅酸）交替而常重复成层，专业层面从化学成分判断也有不同。
4.密度不相同：琥珀的密度比重为1.08；玛瑙的密度为：2.65，因此，同体积情况下，玛瑙的重量高于琥珀，但是这点要么使用比重液，放到专业的仪器上检测，或者是经验特别老道的老师傅才能一眼看出来参差，不然很难。
