故事开始讲述了一个名为帕兹的人，他在飞行员间的联盟会议上发现了一个可疑的行动。联盟会议最终决定查明其中的情况，并派遣帕兹和联盟军队前往一座神秘的浮空岛——天空之城进行调查。在此期间，联盟发现唯一的生命来源是一种名为“龙蛋”的东西，这种种子对于维护天空之城的灵魂非常重要。
帕兹进入这个岛屿发现了很多秘密，最重要的是他结识了一个名叫希塔的女孩。希塔拥有一个金属项链，这个金属项链能够帮助她掌握一种神秘的力量——她能够与神秘的龙关联起来。因为这个力量，希塔成为整个天空之城的希望。
联盟军队深入到这个岛屿之后，他们发现了一个巨大的机器——古尔达机器。这个机器通过收集自然的种子来创造新的生命。这个机器的目的是处理外部世界的资源，但意外的收获了不适合这个世界的能量。联盟的人宣称如果这个机器不被关闭，天空之城将消失不见。在深入与天空之城的关系之后，帕兹与希塔一起决定保护这个浮空岛屿和老龙、幼龙，而战争则变成了人与自然的大决战。帕兹和希塔展示了他们的勇气和智慧，为了保卫天空之城而进行了由惊险而刺激不断的战斗。
