孔庙里的碑刻不但数量多，而且很有文化价值。十三御碑亭内有唐、宋、元、明、清历代石碑共五十三座。其中一座高6米余。亭中御碑下均以大龟作基座，其实这不是龟，叫“A屭”，是神话中之龙子。龙生九子，这是其中之一，喜负重，故置于碑下。
大成门内东西两庑今陈列着许多有名的碑刻。东庑内有汉碑十七块及魏晋南北朝的著名石碑，如《张猛龙碑》、《夫子庙碑》等。西庑内有百余块碑，以画为主，如《博弈图》、《观鱼图》、《杂技图》等。在东西庑之北，置有历代名家书法石刻五百八十四块，其中包括晋、唐以来一些书法名家的手笔。在文字上除汉文外，还有八思巴文、满文等。在圣迹殿内，嵌有一百二十幅《圣迹图》石刻，以宋代画本为蓝本，增补后由杨维扬作画、刻工章草刻石，是我国较早的一套有完整人物故事的“连环画”，生动地描绘了孔子一生的主要活动。
