关于日本的祖先有很多的传言，其中得到日本自己认可的就是其祖先是徐福。当年徐福为了实现秦始皇长生不死的愿望，为他出海寻找仙药，这一去就是十好几年。在中间几年的时候，秦始皇还能召回徐福，了解寻求仙药的进度和情况。但是，后来徐福向秦始皇禀明蓬莱仙道有仙药，此去就再也无任何音讯了。有一说，就是徐福到了日本岛，并且带着3000童男童女就在此地生活了下来，并且繁衍生息。
在日本现今，随处可见徐福的遗迹存在。比如歌山县的徐福像还有其他船员的七人墓，以及九州岛左贺县的陆地上的徐福纪念碑等等。不过，徐福所到日本，遭到了很多方的质疑。有人认为徐福东渡仅仅只是传说而已，古代的航海技术还没有那么的高超，有个大风浪就能把船给掀翻。渡海到日本怎么也得好几个月，他是如何带着这么多人幸存下来并来到日本的呢？而关于，徐福在日本留下的遗迹也存在很多可疑之处，因为纪念碑等都是过了千年之后，日本人自己建立的。
而在日本人方面，他们一直想要弄清楚自己到底从何而来，自己的祖先到底是谁？他们一直将寻找祖先的目光放在中国大陆。因此，寻了徐福东渡的蛛丝马迹就赶紧认了祖先。其实日本人的祖先并不是徐福。现如今终于有了答案：杂交。不过这个答案让日本人犹如嚼蜡，难以接受。
这一结果，是北京大学的生物遗传学教授通过大量的实验和对人类分子学研究数据分析而得到了最终结果。
?研究中表明，日本人跟藏族的基因是相近的，显示是近亲。而日本的基因占据了西藏基因中的百分之五十。很多人都很纳闷，西藏人是如何去到日本的，这个就无从考证了。
另外，还有一部分基因显示是来自南亚地区。在30000多年前，居住在菲律宾群岛以及印尼群岛的南亚人群迁居到日本。
日本其中还有极北地区人的基因。这些人都是在20000年前，从西伯利亚还有北海道一带迁徙而来的。这些基因基本上都是混合基因。所以，由此专家证明日本人祖先并不是单一人种，而是混合人种。
而关于徐福是否到过日本呢？从日本方面考证的结果是确实去过。而且徐福去了之后，还帮助日本人改良了身高矮的基因。因为有研究表明，日本关西的百姓平均身高比其他地区的人高出5cm。
另外，还有一个发现，日本的基因之中还检测出了百分之一的成分，是来自中国的云南地区。这是怎么回事呢？原来当时，秦始皇一下子根本无法凑齐那么多的童男童女，所以就从少数民族各个部落征集，其中就包括西南夷部落。
