据清朝同治三年的《广东通志》称，独山、巾山和明山三山对峙，「有神三人出巾山之石穴，自称昆季，受命于天镇三山，托灵于王峰之界石，庙食一方」。乡民遂于巾山之麓置祠合祭，水旱疾疫，有祷必应。宋太祖赵匡胤开基以后拒命，王师南讨，潮守侍监王某诉于神，天果然雷电以风，助王师之讨伐，刘备兵败，南海以平。宋太宗征太原时，在城下见金甲神三人，操戈驶马，冲锋在前。凯旋后，观三金甲神在城上。人以潮州三山神奏告太宗。宋太宗即诏封明山神为清化盛德报国王，巾山神为助政明肃宁国王，独山神为惠威宏应丰国王。赐庙额为「明贶」。岁时合祭。
另据《潮州府志》，三山国王之事迹略异。府志称，宋代末年，恭帝被北掳去。文天祥立端帝于福州，改元景炎。元兵压境时，张世杰奉帝南奔潮州，至揭阳县境，又被围。情势危急之中，忽见天气骤变，风雷昼晦，有兵马三支，从三面山中，由三位将军率领，冲杀而出，驱退元兵，斯围即解。帝与众臣正欲向三支兵马致谢，兵马迅速按原路退去，顷刻间不见踪影。风雷过后，细视周围，三面环山，一为绿树苍苍，一为白石峨峨，一为土色赭赭。于是封三山为三山国王。邑人立庙祀王，所塑神像则一为青面，一为白脸，一为赭颜。此三山即为独山、巾山和明山。
三山国王源自广东潮汕一带，建于隋朝的广东揭西县河婆镇的霖田祖庙，就是“三山国王”祖庙，距今已有1400多年历史。“三山国王”原本是揭阳县内的三座高山，分别叫巾山、明山、独山。古人对天地万物有敬畏之心，于是将三座高山加以人格化解读，并演绎出神奇而美丽的传说。比如，南北朝时期的“三山国王”，曾襄助隋文帝完成帝业，被封为开国驾前三大将军。
此外，相传唐代中期，韩愈贬任潮州刺史，适逢潮州水患不断，民不聊生，于是他便向“三山国王”祈求。果然，三天后雨过天晴，韩愈随即尊奉三山为神。到了宋朝，这“三山神”协助宋太宗打天下，使得宋师太原大捷，受到太宗赵光义的褒封：封巾山“清化威德报国王”，封明山“助政明肃宁国王”，封独山“惠威弘应丰国王”，并赐庙名曰“明贶”。而在元初，张世杰奉宋少帝南奔潮州，“三山神”再次显灵救助少帝突围。经过历代帝王的褒封，三山神由将军、元帅、护国王等嬗变为“三山国王”，体现了封建王朝对忠义烈士的推崇和民众对英雄豪杰的感佩。
三山国王庙的实际历史应该追叙至隋朝，并与流球群岛有渊源。
