故事背景是20世纪的英国，在小说世界里，巫师（能使用魔法的人）与麻瓜（普通人）杂居，但巫师们都隐藏了自己的身份，只有极少数麻瓜知道他们的存在（比如政府首脑）。巫师有两种出身，一种是父母是巫师，因此继承了魔法力量；另一种是可追溯先辈中没有巫师，但觉醒了魔法力量的巫师（即出身自麻瓜家庭的巫师）。无论何种出身，巫师们都会在11岁那年收到魔法学校的录取信，并在学校进行为期7年魔法学习。
巫师中有一批人鼓吹，祖祖辈辈都是巫师的巫师要比麻瓜出身的巫师更加高贵，他们自称为“纯血种”，并希望将所有麻瓜出身的巫师逐出魔法界。这批人中的极端分子甚至认为巫师比麻瓜高贵，应该由巫师统治、或者说奴役麻瓜。
伏地魔（严格来说他的名字寓意应该是“飞跃死亡、超越死亡”的意思，伏地魔是音译）就是一位极端血统论者，同时他也是个痴迷于黑魔法和不死之术的强大黑魔法师。他组建了被称之为“食死徒”的一批恐怖分子，在魔法界兴风作浪，图谋篡夺权力。在伏地魔的鼎盛时期，全英国的巫师都惶恐不安，连他的名字不敢说。
对抗伏地魔的，除了负责管理魔法界的魔法部，还有名为“凤凰社”的民间组织。凤凰社由魔法大师，即英国魔法学校霍格沃兹的校长，阿不思·邓布利多创立，旨在保护魔法世界、对抗伏地魔。
某天，在邓布利多为为应聘霍格沃兹占卜课教师一职的女巫进行面试时，这位女巫说出了一个惊人预言：一个男孩将会打败伏地魔。
食死徒偷听了这个语言，并把它报告给了伏地魔。伏地魔根据预言内容筛选后选出了两个符合条件的男婴，哈利·波特与纳威·隆巴顿。伏地魔认为哈利更可能是预言所指的男孩，于是他杀到波特家，杀死了哈利的父母，又打算杀死尚在襁褓的哈利。但是哈利的母亲莉莉用牺牲护符（如果一人自愿为他人而死，便可以为对方制造一个极其强大护身符）反弹了伏地魔的咒语。伏地魔被自己的咒语打的形神俱灭，只剩下一点没有实体的残渣逃窜而去，而食死徒也在伏地魔销声匿迹后土崩瓦解。
波特夫妇死后，邓布利多将哈利送到哈利的姨妈家（德思礼夫妇家）抚养，而这正是整个故事开始的地方。
第一部：
哈利在11岁那年收到了霍格沃兹的录取信，虽然德思礼夫妇厌恶巫术、百般阻止，但他还是在霍格沃兹猎场看守员海格的帮助下来到了霍格沃兹上学。在学校，他结识了好友罗纳德（通称罗恩）和麻瓜出身的女巫赫敏；但同时也和德拉科·马尔福结下了梁子。
霍格沃兹有一条走廊明令禁止学生进入，据称里面藏着某件东西。哈利在偶然之下得知藏在走廊尽头房间里的，是贤者之石（也称魔法师），一种能点石成金、并被用于制造不死药的炼金术产品。学校森林里的马人告诉哈利，某个邪恶的、半死不活的生物正在觊觎这块石头，以期能以完整的形式复活。
魔药学教师西弗勒斯·斯内普曾经追随过伏地魔，他近来行踪诡秘，哈利担心他是想要偷走贤人石献给苟延残喘的伏地魔。他和罗恩、赫敏追着“斯内普”进入藏魔法师的密道，穿过了重重考验。最后哈利独自来到藏石头的魔镜前，却发现来偷石头的并不是斯内普，而是另一名教师奇洛。
原来奇洛年轻时遇到了伏地魔残存的灵魂，并被他腐蚀了心智。奇洛自愿和伏地魔分享身体，并企图偷走贤人石复活伏地魔。伏地魔利用哈利从魔镜中取出贤人石后企图抓住哈利，但因为牺牲护符的存在，奇洛（伏地魔）反而被再一次被击溃，奇洛身死，伏地魔的灵魂逃逸。
第二部：
暑假期间，一只名叫多比的小精灵来到德思礼家，警告哈利霍格沃兹有危险，让哈利不要回学校。但哈利还是坚持要去上学。
在学校，怪事屡屡发生，球赛中球不断地攻击哈利，打断了他的手臂；从墙壁里传来只有哈利能听到的话语、学生们被不明生物袭击而石化（变成类似石像的状态）。
据说袭击的学生的怪物来自“密室”。这间密室是千年前学校创立者斯莱特林所建立，他厌恶麻瓜出身的巫师，在密室里藏了一个怪物，用以杀害霍格沃兹里的麻瓜学生。
哈利和两个伙伴一路追查关于密室的信息，终于找到了密室的入口，并得知密室里藏着一只“蛇怪”，一种有剧毒、而且能通过目光对视杀人的巨蛇。
哈利和罗恩想要将这件事告诉教师，但恰逢罗恩的妹妹金妮带进密室，教师们一片忙乱，罗恩也慌了神。他和哈利决定自行进入密室，救出金妮。
在密室，哈利遇到了一个名为汤姆·里德尔的少年，也就是年少的伏地魔。伏地魔16岁制造了一个日记本形的“魂器”（能储存灵魂碎片的器皿，可以保护魂器主人不死），并在日后把它交给自己的追随者卢修斯·马尔福（德拉科之父）保管。这件魂器赞转到金妮之手，隐藏其中的伏地魔灵魂蛊惑了金妮，让她打开密室大门，并吸取了金妮的力量，变得足以从日记本中现形。
在邓布利多的凤凰的帮助下，哈利用格兰芬多（霍格沃兹创始人之一）的宝剑杀死了蛇怪，并用蛇怪的毒牙摧毁了日记本，消灭了伏地魔的魂器。
第三部：
一个名为西瑞斯·布莱克（小天狼星·布莱克）的杀人犯逃出了魔法监狱阿兹卡班，据称他曾经以一个魔咒杀了13人。事发后，哈利周围的人都对他忧心忡忡，令哈利摸不着头脑。
直到某天他偷偷跑到巫师村霍格莫德游玩，才偷听到真相。原来当初布莱克和波特夫妇是密友，波特夫妇被伏地魔追杀时用赤胆忠心咒（一种用于隐藏东西的魔法，需要至少一个保密人保守被隐藏之物的所在）保护自己家，并让布莱克担任了保密人。但布莱克却把他们的藏身之处告诉了伏地魔，导致了哈利父母的死亡。此外波特夫妇的另一个密友彼得也在追捕布莱克时被布莱克杀死。
怒火中烧的哈利发誓要手刃布莱克以报血海深仇，而布莱克也以某种神秘的方式潜入了霍格沃兹以追杀哈利。
教师们屡屡搜索无获，不知布莱克是如何进入学校的。原来布莱克是阿尼玛格斯（懂得变身术的巫师），能变为一条大黑狗隐藏自己。他变成黑狗袭击了罗恩，经由一条密道将罗恩拖到了尖叫屋棚（一个传说闹鬼、无人接近的废弃别墅）。哈利和赫敏追踪而去，随之而来的还有卢平教授。但卢平却并没有帮助哈利抓住布莱克，反而和布莱克站在一边。两人告诉哈利，当年泄密的并非布莱克，而是彼得，杀死13人的也是彼得。两人成功迫使彼得现身，即将洗刷布莱克的冤屈，哈利也将大仇得报。但未料到那天是满月之夜，身为狼人的卢平突然变身，导致彼得逃脱，布莱克和哈利也在打斗中昏迷，随后被斯内普带走。
绝望中，赫敏利用时间沙漏逆转了时间，她和哈利抢在布莱克被处决之前救出了他。然而可惜的是，彼得仍旧逍遥法外……
PS. 第三部主要是讲述哈利父母之死的细节，并补充很多巫师世界的设定，比如咒语、魔法生物、机构之类的。此外还有一些支线剧情这里没有列出。
第四部：
哈利在罗恩的邀请下去观看魁地奇（一种巫师球赛）世界杯，本是赏心乐事。但就在球赛结束当晚，食死徒突然袭击了赛场。人们都忧心忡忡，担心这是伏地魔势力卷土重来的征兆。
回到学校后，霍格沃兹宣布将举办三强争霸赛（一个由霍格沃兹和另外两个魔法学校举办的综合比赛），只有17岁（巫师的成年年龄）以上的学生可以参加。但不知为何，哈利的名字却出现在了参赛者名单中。
三强争霸赛困难重重，危险四伏，幸好新任教师疯眼汉给了哈利许多帮助，让他闯过重重难关，来到了比赛的最后一关——争夺火焰杯。
但哈利摸到火焰杯时，他却被传送到了一个墓地，并被彼得（上一步的反派）抓获。原来伏地魔为了复活和打破牺牲护符设计了一个很大的局，墓地就是抓住哈利，用哈利的血重塑自己的肉身。
在复活仪式完成后，消失多年的黑魔头重现于世。哈利被迫和伏地魔战斗，原本两人实力差距甚远，但因为两人的魔杖是孪生魔杖（用来自同一只凤凰的羽毛做成），因此产生了共鸣抵消了伏地魔的恶咒，哈利趁机逃回了学校，并告知众人伏地魔复活了。
第五部：
哈利虽然带回了伏地魔复活的消息，魔法部却不相信，还屡屡攻击哈利是在妖言惑众。更糟糕的是哈利发觉自己和伏地魔有某种联系，这种联系令他饱受梦魇折磨。再加上魔法部委派的乌姆里奇教授属实人渣，哈利的校园生活非常不愉快。
由于乌姆里奇教授的黑魔法防御课完全不进行实操，哈利和朋友们组建了名为“邓布利多军”的秘密社团，私下练习魔法。
透过伏地魔的思维，哈利得知他正在寻找一件藏在魔法部的武器，而且抓走了布莱克逼问关于这件武器的信息。为了救出布莱克，哈利带着邓布利多军来到魔法部，却遭到了食死徒的围攻，所幸凤凰社成员赶到救场。
从邓布利多口中，哈利得知了真相。伏地魔所寻找的是储存了当年预言的水晶球，但预言球只能被被预言者拿出，所以他利用自己与哈利之间的联系欺骗哈利，令他以为布莱克被抓了，好将其骗到魔法部去拿预言球。
注：我个人认为第五部主线剧情其实没有太多推进，更多的是补充设定和展现人物的内心世界（感情戏之类的）。同时也引出了一些在后续比较重要的人物，以及埋设伏笔。
说明一下，从第四部《哈利·波特与火焰杯》开始，支线剧情明显增加了很多，可能和罗琳从儿童向转型为青少年向有关。对世界观的设定补足、旨在塑造人物内心世界和成长的剧情显著增加，还有各种伏笔和回忆杀也多了起来，和前三部直奔主题的写法很不一样，概括也难了不少。比如《火焰杯》里深藏不露的假疯眼汉、魔法部官员的家丑，《凤凰社》（第五部）里的哈利的恋情、魔法部和邓布利多的政治纠纷之类的。为了避免剧透（其实主要是省事），对于不影响主线的支线剧情，以及重要的伏笔我都略过不谈了。
第六部：
开学在即，邓布利多找到哈利，带他去见一位名叫斯拉格霍恩的老教授，并邀请斯拉格霍恩担任魔药课老师。邓布利多告诉哈利，斯拉格霍恩知道一件关于伏地魔的重要情报，却不肯说出来；他为人精明狡猾、而喜欢攀龙附凤，因此他会对大名人哈利另眼相看，因此邓布利多委托哈利想办法撬开斯拉格霍恩的嘴巴。
果然，斯拉格霍恩教授对哈利十分亲近。而且哈利偶然得到的一本属于“混血王子”的旧魔药课本里记录了许多混血王子发明的咒语和魔药技巧更是让他在斯拉格霍恩面前大出风头。
但并非事事都如此顺利，开学以来校内怪事频发，斯拉格霍恩准备送给邓布利多的蜂蜜酒里被下了毒、某个女学生被人用了摄魂咒（能操纵别人的咒语），拿着一串附有诅咒的项链到学校……哈利怀疑这一切是德拉科·马尔福在背后搞鬼，他认为德拉科很可能已经加入了食死徒的阵营，却拿不出证据。
在福灵剂（一种据称能加强运气的魔药，实际效果可能是提升自信心和身体机能，比如思辨能力、运动能力）的帮助下，哈利得到了斯拉格霍恩的情报。原来多年前，斯拉格霍恩曾在霍格沃兹任教，汤姆（伏地魔）是他的爱徒。汤姆曾询问他关于“魂器”的知识，毫无芥蒂的斯拉格霍恩告诉了汤姆。后来汤姆变身伏地魔，杀人无算，斯拉格霍恩担心自己传授他的魂器知识可能是成为了伏地魔的助力，因此又怕又愧，将这件事埋藏心底。
邓布利多和哈利此后确信，伏地魔制造了7个魂器，至少两个已经被毁（哈利毁掉了日记本，邓布利多毁掉了一枚祖传戒指）。为了毁掉第三个魂器，邓布利多带着哈利来到了藏魂器小岛。虽然两人找到了藏在岛上的挂坠盒，但邓布利多也因为中毒而变得虚弱。
两人回到学校后，德拉科突然带着食死徒杀到，哈利从他和邓布利多的对话中得知，伏地魔因为恼恨卢修斯两面三刀，因此强迫德拉科想办法杀死邓布利多以作为处罚。然而不待德拉科动手，斯内普便抢先杀死了邓布利多。怒火中烧的哈利前去追击斯内普，却得知斯内普就是他十分敬仰的“混血王子”，更糟的是，哈利发现牺牲了邓布利多才找到的挂坠盒并不是魂器，某个神秘人士早已偷走了原本的魂器……
