SSR (Simple Sequence Repeat)是分子标记中的一种，它是利用DNA的中短串联重复序列进行基因组多态性分析的技术。SSR的特点是反应可重复性好、多态性高、应用广泛、无需前期序列信息、不受物种限制等。
SSR分子标记的高通量检测原理和方法如下：
原理：
在进行高通量SSR检测时，首先需要对基因组DNA进行随机片段剪切或酶切，随后对DNA片段中的SSR进行放大扩增，并对扩增产物进行片段长度鉴定、定量等操作。SSR的多态性是由它重复序列长度变化而产生的，因此在鉴定过程中需要检测SSR重复序列长度的差异，以确定不同个体间SSR序列的差异及其变异频率。
方法：
1. 基因组DNA提取：采用常规的DNA提取方法，如CTAB法、Qiagen基因组DNA提取试剂盒等。
2. 随机片段剪切或酶切：采用限制酶或随机剪切酶对DNA进行剪切。随机片段剪切方法可采用Dnase I或Mse I对基因组进行随机剪切，获得小分子片段。酶切方法通常选用具有4~6切位的限制酶，如Msp I、Rsa I等。
3. SSR扩增：根据统计学的原理，选取合适的引物进行扩增。引物的选择需满足：a) 引物的特异性和稳定性好；b) 引物的长度适中，一般为18~22bp；c) 引物的GC含量适中，一般应在40%~60%之间；d) 引物的Tm值适宜，通常以55~60℃为宜；e) 引物的限制性较小，能够扩增到不同的等位基因。
4. PCR扩增产物检测：扩增产物可以通过毛细管电泳或凝胶电泳进行检测。电泳分离后，依据DNA片段大小测量分离出所需大小的DNA片段，判定其多样性。
5. 数据分析：SSR扩增结果得出的数据是一个数据矩阵，需要进行进一步的数据处理试验和分析，包括聚类分析、遗传相关性分析、遗传二型鉴定和基因定位等。
以上就是SSR分子标记高通量检测的原理和方法。
