具体区别如下
①外观及声优
根据主角的性别不同，其外观和声优也会有所变化。由于主角是剧情中看到(听到)最多的角色，因此注重外貌和声音的话，性别选择会比较重要。
②剧情
剧情基本没有差异，影响的只是例如称呼、人称代词等小细节，按照喜好选择性别即可。
③属性数值、成长率
性别不会影响属性数值和成长率。性别不同，初始属性数值及成长率没有任何变化。除了后期可以成为的兵种之外，作为单位的能力没有任何差别。
④兵种可能有差异
在《FE风花雪月》中具有只有特定性别才能成为的兵种，例如男性专用黑暗法师、女性专用格莫瑞等。本作的主角初始兵种就是专属的，专属兵种对性别没有要求，因此除了想要彻底培养主角的玩家之外，可以根据喜好选择性别。
⑤部分支援对话
支援对话的内容基本不会受性别影响，与上面剧情中提到的问题类似，有影响的也只是称呼、人称代词等细节。
