人事代理与雇员制的区别有主体不同、制度不同、主管部门不同等。
1、主体不同
雇员制的主体是企业与劳动者；人事代理制的主体包括人事代理机构、企业与劳动者。人事代理的方式有委托人事代理，可由单位委托，也可由个人委托。将人事关系、工资关系、人事档案、养老保险社会统筹等委托区人才服务中心管理，可单项委托，将人事档案委托区人才服务中心管理只要有正规的合同，对劳动者是有保障的。
2、制度不同
雇员制是企业自身的用人制度；人事代理制是社会人事管理制度。
雇员制是事业单位的一项基本用人制度，是事业单位人事制度改革的目标。人事代理制度是一种新型的人事管理制度，是指政府人事部门所属的人才交流服务机构本着充分尊重单位自主用人、个人自主择业的原则，高效、公正、负责地为用人单位和各类人才解决人事管理方面的相关事宜。
3、主管部门不同
聘用制是主管部门是劳动与社会保障部门；人事代理制的主管部门是人事部门。聘任制的适用范围是有限的。根据法律规定,机关根据工作需要,经省级以上公务员主管部门批准,可以对专业性较强的职位和辅助性职位实行聘任制。
