因为用亚甲基蓝溶液染色后,被染为深蓝色的部分是（细胞核）亚甲基蓝可以结合核酸,使细胞核呈蓝色，台盼蓝能使死细胞着色。
亚甲基蓝（化学式：C??H??ClN?S，分子量：319.86），3,7-双（二甲氨基）吩噻嗪-5-鎓氯化物，是一种吩噻嗪盐，正电荷不稳定。外观为深绿色青铜光泽结晶（三水合物），熔点215oC，闪点14℃，密度1g/mL。可溶于水/乙醇，不溶于醚类。亚甲基蓝在空气中较稳定，其水溶液呈碱性，有毒。亚甲基蓝广泛应用于化学指示剂、染料、生物染色剂和药物等方面。
在工业次甲基蓝（碱性湖蓝BB）10kg中加入100kg纯水，边搅拌边通蒸汽加热至80～90℃，使之溶解。然后用30min时间缓慢加入20%的碳酸钠热溶液7.5kg，继续搅拌10min，静置半小时后，将溶液加热，温度不超过90℃，趁热过滤，在清亮滤液中加入3kg1∶1的盐酸，搅拌均匀后，冷却结晶，结晶完全后，离心甩干，于40～50℃干燥，即得成品。
亚甲蓝还具有氧化性，可以氧化一些还原性较强的物质，例如葡萄糖或锌，自身被还原成无色的还原态亚甲蓝（有人称亚甲基白）。在被还原后，还原态的亚甲蓝便具有一定的还原性，可以被一些氧化性物质，如空气中的氧氧化，又生成氧化态的蓝色亚甲蓝。因此亚甲蓝可用于氧化-还原滴定，也可用来示范氧化-还原振荡反应。
