剧情介绍:一万年前,亚特兰蒂斯得到了名为“山铜”(奥利哈刚)的物质,创造了伟大的文明。但“山铜”的力量却让人们慢慢变得腐朽,最后成为怪物,国王达姿在亲手斩杀变成怪物的王后之后,自己也成为了“山铜”的代理人,将亚特兰蒂斯毁灭。
在“决斗都市”大赛获胜的暗游戏带着3张神之卡在记忆石板前准备进行仪式,但石板却被黑暗力量冰封,其后神秘组织“多玛”的“三剑客”突然出现并抢去了神之卡。 游戏等人面对除无名之龙外无法破坏的“山铜结界(奥利哈刚的结界)”处境非常艰难。
“多玛”组织的目的是利用一万年前出现的“山铜”的力量,使用“山铜结界”夺取决斗败者的人的灵魂为祭品,从而使潜藏于地球深处的黑暗之神苏醒,实现最终目的——清洗整个腐朽的世界。世界发生了异象,游戏也遭受到袭击。游戏在梦中受到决斗怪兽精灵“黑魔术少女”的引领,获得了“传说之龙 蒂迈欧”的力量。
得到了帕加索斯邀请,游戏与伙伴踏上了美国的土地。在此期间城之内和海马相继获得了“传说之龙”的力量。帕加索斯将1张“无名之卡”叫给了游戏,提示会解开“传说之龙”真正面目。暗游戏在与“多玛三剑客”之一的拉菲鲁的决斗中因急于求胜迷失了自我,被拉菲鲁设局发动“山铜结界”消灭“蒂迈欧”, 逐渐暴露怕输心理的他最终被拉菲鲁打败,
在灵魂即将被封印之际,表游戏用“千年积木”打破结界,代替了暗游戏接受封印。悲愤不平的暗游戏踏上寻找伙伴的旅程。最终得到了达姿的父亲铁心和女儿克里斯的帮助,重新复活了“传说之龙 蒂迈欧”。 在“多玛”分部帕拉蒂斯公司的楼顶中,暗游戏再次和拉菲鲁决斗,击败守护者·戴思塞斯后,拉菲鲁心中的黑暗消失,自己故意败北结束决斗。
游戏与海马赶赴最后决战之地,面对使用三重“山铜结界”的达姿,海马也倒下了。但游戏并没有放弃,最后在羁绊的力量下唤醒了3条“传说之龙”的真面目“传说之骑士”,击败了达姿并且夺回了游戏、海马、城之内的灵魂。达姿以自己的灵魂代替三人的灵魂让奥利哈刚之神复活,暗游戏以三幻神击败奥利哈刚之神。
最终暗游戏心中的记忆容器将达姿的黑暗完全吞噬,达姿与父王和女儿重归亚特兰蒂斯,“传说之骑士”则完成任务回到决斗怪兽世界。