一、两者的原理不同：
1、二系法的原理：除了具有雄性可育的性状以外，其它性状均与甲不育系相同，故又称同型系，它能为不育系提供花粉，保证不育系的繁殖留种。父本乙必须是恢复系。如果乙原来就带有恢复基因，经过测定，就可以直接利用配置杂交种，共大田生产用。
2、三系法的原理：把杂交母本转育成不育系，例如，希望杂交组合（甲×乙）利用已有的雄性不育性进行制种，则必须先把母本转育成甲不育系，常用的做法是利用已有的雄性不育材料与甲杂交，然后连续回交若干次，就得到甲不育系。
二、两者的作用不同：
1、二系法的作用：建立了光温敏不育系的两系法杂种优势有效利用的新途径，解决了三系法杂交稻的土要限制因素，使水稻杂种优势利用进入一个新阶段，在7个方面取得了创新与突破。
2、三系法的作用：用于配套不育系育种。
