ra3接的是ra2盟军的结局，苏联被盟军的超时空传送仪战术击败，查丹科和库可夫使用了测试中的时间机器回到1934年布鲁塞尔物理学会议，杀死了超时空传送仪的研发者爱因斯坦。回到现代以后，苏联果然击败了盟军，但是由于没有核弹的威胁，日本崛起了并且携带更加先进的纳米核心科技入侵了亚洲并从海岸线入侵苏联。在欧洲战场，苏联一路挺进，盟军撤退到英国，死守布莱顿海岸（类似二战时候的敦刻尔克撤退）。盟军战役：在成功防守布莱顿海滩以后，盟军决定解救被苏联逮捕的盟军领导人并摧毁位于戛纳的海军基地。随后盟军决定反击，首先摧毁位于德国海德堡的苏联指挥部。随后由于日本的玄武要塞遏制了北海的海军行动使得盟军和苏联联手，先摧毁了位于地中海入海口的直布罗陀基地，随后炸掉了玄武要塞的能源核心。然而美国总统的反苏联情绪使双方关系出现裂痕，迫于无奈盟军决定刺杀总统。随后盟军和苏联约定进攻东京瘫痪东京的指挥部和军队系统，但是苏联军队没有如约参战，战后日本投降。随后逃往德国的苏联科学家泽沃斯基爆料苏联在哈瓦那秘密发展军队，盟军前去侦查果然发现了大量的军队。在粉碎了哈瓦那的阴谋后盟军决定对苏联发动最后一战，这时候查丹科和库可夫准备逃往太空，摧毁了被改造成太空船的列宁格勒堡垒后苏联领导被打入冰牢。苏联战役：日本的突袭使苏联措手不及，虽然盟军被击退但是日本已经深入内地并通过水路袭击了列宁格勒，失败后转投莫斯科，苏联动用了K-45卫星挫败了日本的行动。随后收回了位于海参崴的海军军港。这时美国新总统阿克曼对苏联宣战，苏联决定摧毁日内瓦的盟军总部，随后占领了米诺克斯的研究设施，摧毁了欧盟最后的空军基地铲除了库可夫将军（目测是查丹科陷害的）。随后进攻日本本土，在东京击败日本三位指挥官后杀死了天皇。盟军忌惮苏联的实力准备讲和，苏联设了一个圈套但是被识破，在击败盟军（欧盟方面）主力后查丹科露出真面目准备铲除指挥官，但是被指挥官击毙。随后苏联进攻纽约，摧毁了美国的主力和自由的象征：自由女神像，盟军投降。日本：战斗初期，天皇通过摧毁苏联的纪念碑雕像来摧毁苏联战士的意志，突袭了沃尔库塔并摧毁了当地的无畏战舰战斗群，随后进军斯大林格勒并占领运河，在敖德萨组装了强大的战争机器将军刽子手，夷平了敖德萨。但是天皇的唯心主义严重忽略了盟军的实力，盟军进攻了珍珠港（游戏里是日本军港），在粉碎进攻后天皇发现盟军分兵进攻了日本本土——仅仅由玄武要塞守护的东京，摧毁所有盟军MVC后盟军利用超时空技术进攻了要塞并开始破坏要塞核心，日本利用天翼飞艇抢回了要塞并依靠要塞的强大设施粉碎了盟军海军。随后天皇继续文宣攻势利用浮岛要塞进攻了盟军的圣摩尼卡占领了那里的广播台。盟军和苏联意识到了帝国的强大决定联手，泽沃斯基和总统的对话被监听，天皇得知日本是时间错误的产物丧失了对神的天命的信仰，同时交班给太子达郎，此时苏萌联军进攻横滨并在对岸架设了针对日本纳米科技的通讯隔离设施，在帝国强大的Yuriko Omega的帮助下日本成功击退了联军摧毁了隔离设施。达郎决定彻底摧毁苏联，于是进攻莫斯科，同时调动了将军刽子手，依靠将军刽子手，日本摧毁了莫斯科和克里姆林宫，苏联领导希望转移时间机器的资料再次使用，但是载着资料的直升机也被击落了，苏联战败。随后日本进攻了位于阿姆斯特丹的盟军空军基地和未来科技公司总部，由于盟军强大的空军火力，日本的空军无法使用，在摧毁了空军基地、瘫痪了质子撞击炮以后，流亡的苏联科学家泽沃斯基携带强大的军队进入战场并和未来科技公司达成协议研究超时空传送仪准备改变战局。击败苏联和盟军的联军后，泽沃斯基利用超时空传送仪送出了数颗毁灭武器夷平阿姆斯特丹，天皇紧急调入自己的直属精英部队（全部星级）进入战场对抗守卫未来科技公司的军队，成功摧毁了未来科技公司总部，毁灭了超时空传送仪的资料，日本完成了称霸世界的任务。
