一、都是石窟但规模、结构、大小及建筑风格等各有异同：
云冈石窟
云冈石窟洞窟类型多样，结构复杂。主要有大像窟、佛殿窟、塔庙窟、僧房窟、禅窟等，其中前三种是云冈洞窟的主要类型。
莫高窟
莫高窟（Dunhuang Caves）俗称千佛洞，被誉为20世纪最有价值的文化发现，坐落在河西走廊西端的敦煌，莫高窟规模巨大，现有洞窟735个，现存500多个洞窟中有禅窟、殿堂窟、塔庙窟、穹隆顶窟、“影窟”等形制，还有一些佛塔。窟型最大者高40余米、宽30米见方，最小者高不足盈尺。
二、都是佛教圣地但内容、形式各有异同：
莫高窟
莫高窟至今保留有从十六国、北魏、西魏、北周、隋、唐、五代、宋、西夏、元等十个朝代的洞493 个，壁画四万五千多平方米，彩塑像两千身，是世界现存佛教艺术最伟大的宝库。若把壁画排列，能伸展30多公里，是世界上最长、规模最大、内容最丰富的一个画廊。
云冈石窟
云冈石窟现有窟龛252个，造像51000余尊，代表了公元5世纪至6世纪时中国杰出的佛教石窟艺术。其中的昙曜五窟，布局设计严谨统一，是中国佛教艺术第一个巅峰时期的经典杰作。
三、地点各有异同：
云冈石窟位于北纬40°左右东经113°左右。
莫高窟位于北纬40°左右东经92°左右。
四、修建的地理位置各有异同：
莫高窟
莫高窟开凿在甘肃敦煌市东南25公里处的鸣沙山东麓断崖上。南北长约1600多米，上下排列五层、高低错落有致、鳞次栉比，形如蜂房鸽舍，壮观异常。它是我国现存规模最大，保存最完好，内容最丰富的古典文化艺术宝库，也是举世闻名的佛教艺术中心。
云冈石窟
云冈石窟开凿于大同市城西16公里处的武周山南麓，武周山北岸，东西绵延一千米。造像254个，石雕造像51000余尊，最大佛像17米，最小仅2厘米，雕饰奇伟，是中国最大规模的石窟群。
五、修建的年代各有异同：
莫高窟
莫高窟它始建于十六国的前秦时期，历经十六国、北朝、隋、唐、五代、西夏、元等历代的兴建。前后历经千年才完成。
云冈石窟
云冈石窟它始建于北魏时代，前后一共用了64年才完成。
六、破坏程度各有异同：
莫高窟
现存北魏、北周、隋、唐、五代、西夏、元的洞窟22个、壁画约800平方米、彩塑34身，它的洞窟形制、塑像和壁画，由于历史上的保护不周，目前残损坍塌较甚。
1907、1914年英国的斯坦因两次掠走遗书、文物一万多件。
1908年法国人伯希和从藏经洞中拣选文书中的精品，掠走约5000件。
1910年藏经洞中的劫余写经，大部分运至北京，交京师图书馆收藏。
1911年日本人橘瑞超和吉川小一郎从王道士处，掠走约600件经卷。
1914年俄国人奥尔登堡又从敦煌拿走一批经卷写本，并进行洞窟测绘，还盗走了第263窟的壁画。
1924年美国人华尔纳用特制的化学胶液，粘揭盗走莫高窟壁画26块。他们都以少量的银元，带走了大量的中国的灿烂文化。
云冈石窟
一千五百年来，云冈石窟由于受到风化、水蚀和地震的影响，毁损较为严重，解放前也遭到人为破坏，据不完全统计，被盗往海外的佛头、佛像竟达一千四百多个，斧凿遗痕，至今犹在。
