2021年4月7日，国务院第一次全国自然灾害综合风险普查领导小组办公室（简称国务院普查办）印发《第一次全国自然灾害综合风险普查实施方案（修订版）》（简称《实施方案》（修订版）），并要求各地普查办抓紧组织各主要部门按照《实施方案》（修订版）认真修改省级实施方案，并于4月20日前报国务院普查办。
《第一次全国自然灾害综合风险普查实施方案（试点版）》印发后，在普查试点“大会战”和全国试点工作中应用，各地各部门提出需要对《实施方案》（试点版）修改完善的建议。为此，国务院普查办组织《实施方案》（试点版）修订工作。经国务院普查办技术组和各主要部门技术专家反复研讨，逐一对接，对《实施方案》（试点版）进行了认真修订。之后国务院普查办又征求了国务院普查领导小组各主要成员单位和各地普查办的意见，形成《实施方案》（修订版）。
《实施方案》（修订版）包含总体方案、主要自然致灾因子调查与评估、承灾体调查与评估、历史灾害灾情调查与评估、综合减灾能力调查与评估、重点隐患调查与评估、主要灾害风险评估与区划、自然灾害综合风险评估与区划、普查成果的质检核查和汇交共享、数据库与软件系统建设、宣传与培训和组织实施等12个章节。此外，还附录了分行业领域任务分工、分省任务量测算参考指标和责任归属。
