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sanger法的原理和特点?
Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基因,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
DNA聚合酶的三个结构域?
(1)手掌域(palm domain)
①包括2个催化位点:一个用于增加dNTPs,一个用于移除错误配对的dNTPs。
②聚合位点:结合二价金属离子,改变催化位点周围的化学环境,促进催化;
通过与新合成的DNA小沟中的碱基形成大量的氢键来检查最新添加的核苷酸碱基配对的准确性。
③核酸外切酶位点(Exonuclease site)/ 校正位点(proofreading site)
(2)手指域(finger domain)
①结合引入的dNTP,并将正确配对的碱基包围在催化的位置上。
②弯曲模板以仅使催化位点上引物后第一个模板碱基暴露。
③稳定焦磷酸。
(3)拇指域(thumb domain)
①并不直接与催化相关联;
②维持引物和活性部位的正确位置以及帮助维持DNA聚合酶与其底物之间的紧密连接。