受到阿尔宙斯的召唤，我们穿越回到洗翠地区（也就是古代的神奥地区）
醒来后遇到博士与御三家（木木枭、火球鼠、水水獭），之后御三家逃跑。博士给了我们50个精灵球去将这三只宝可梦捕捉回来。
捕捉比较简单，按住ZR键出现准星，松开就是抛出精灵球。
捕捉完成后，博士带领我们去往村子，博士要去报告，让我们在食堂门口等他。在食堂门口遇到明耀，之后博士报告完后来到食堂，想让我们加入调查组。
起初明耀还反对让我们加入调查队，这时银河队调查组组长星月出现允许我们加入调查组，但前提是要通过考验，具体考验是什么内容要等到明天来找星月了。
星月走后，我们与明耀博士一起吃饭，估计考验的内容大概就是捕捉宝可梦，饭后回到宿舍住宿，在宿舍里我们可以睡觉休息，也可以存储道具，还可以换装哦～
夜晚，天冠山上的裂缝发出了巨雷，但也不清楚具体发生了什么，一夜就这么过去了。
第二天来到星月的办公室，考验任务为捕捉大牙狸、姆克儿以及小猫怪。
博士让我们挑选御三家中的一只宝可梦作为我们的搭档从而顺利完成考验，我选择了水水獭
来到村口遇到望罗，他是银杏队商人，对于遗迹之类的非常感兴趣，看样貌是竹兰的祖先。
他想与我们对战，他的宝可梦为LV5的波克比
第二章 探索黑曜原野
击败后我们就来到黑曜原野，捕捉比较简单，像大牙狸这种宝可梦基本不会跑，直接丢球就行，姆克儿这种的我们需要按B藏在草丛里丢球，小电狮性格暴躁，被发现就会触发攻击我们，此时不能捕捉，需要我们丢出宝可梦与其对战，体力变少后捕捉。
完成任务后回去向星月复命，她会给我们调查组服装
既然入队了，我们就去三楼拜见银河队的老大马加木队长
出来后与明耀学习道具制作，在野外收集的道具可以用来合成我们冒险所需的用品。之后博士会给我们图鉴，就可以开启我们的宝可梦收服之旅了。与博士明耀再次来到黑曜原野跟随明耀学习相关操作。之后继续捕捉宝可梦，完成课题研究，达到一星后完成任务。
回去找星月，被授予为1星队员，等级20级以内的宝可梦会听我们的话。
第二天来到训练场找到明耀，触发战斗，明耀的宝可梦为9级的皮卡丘
之后继续来到黑曜原野，去寻找金刚队的阿米，与她的LV10小卡比兽发生战斗，之前通过不过去的桥现在就可以过去了。
接受阿米的委托，按照地图指引来到角鹿高岗与暴乱的头目音箱蟋战斗，之后回到村庄。
第三章 安抚斧劈螳螂
次日醒来遇到钢石和珠贝（金刚队伍追寻的是帝牙鲁卡，珍珠队伍追寻的是帕鲁琪亚）。之后我们来到三楼找到马加木，得知钢石和珠贝与马加木因为森林王斧劈螳螂暴躁的事情而议论，之后马加木将调查斧劈螳螂的任务交给我们这个银河队的新人。
与星月确认任务后，来到黑曜原野按照指示找到菊伊，他告诉我们斧劈螳螂的暴动可能是因为雷劈的原因。为了让我们放弃，需要与菊伊战斗展示我们的实力，对手的宝可梦为LV15的黏黏宝。
斧劈螳螂为珍珠队供奉的宝可梦，本来珠贝和珍珠队是不想让外人来插手处理斧劈螳螂的事情，但为了大局考虑也希望我们能帮忙处理。之后我们先通过传送回到营地将此事向博士汇报。之后我们回去与菊伊等人制作安抚情绪的放松包。
再次来到黑曜原野后，刚石说诡角鹿愿意助我们一臂之力，之后我们就可以骑乘诡角鹿了。
来到斧劈螳螂的位置，触发战斗，通过丢弃镇宝来降低斧劈螳螂的暴动值，注意闪避就很容易击败。
安抚后得知裂缝发出的雷就是造成斧劈螳螂暴动的原因，回到村子向队长马加木复明。
第四章 非“王”宝可梦月月熊的暴动
次日再次来到银河队，从火夏和马加木对话中得知月月熊也发生了暴动，我们需要去进行安抚。
我们先去向直属领导星月汇报大领导的任务，星月要求我们先将等级升为二星后才能去红莲湿地，完成课题后找星月升星。
准备出村庄，遇到明耀挑战，为LV19魔尼尼和LV20皮卡丘。战胜后来到红莲湿地，先来到遗迹遇到珍珠队的夕蒲
喜欢遗迹的望罗也来到遗迹向我们发起挑战，宝可梦为LV22波克比和LV22圆陆鲨，得知遗迹的石板被著名大盗野贼三姐妹所偷窃，委托我们去找回石板。
