《奥特曼格斗进化3》中的剧情模式一共分为六个难度等级，从低到高依次为：初级、中级、高级、非常高级、神级和终极。下面是这六个难度等级的简要介绍：
1. 初级
初级难度为新手玩家设计，难度比较简单，适合需要深入体验游戏机制的玩家。
2. 中级
中级难度相比初级会更加困难，玩家需要更加熟悉游戏机制，才能够在挑战中取得胜利。
3. 高级
高级难度是更加具有挑战性的模式，相比初级和中级来说，敌人和关卡难度都更加高级，需要玩家有更高的技巧才能顺利完成。
4. 非常高级
非常高级难度更加具有挑战，敌人经验和挑战难度都更高，需要玩家具有更好的控制技能和策略管理才能获得胜利。
5. 神级
神级难度是游戏中最具挑战性的级别，对玩家的控制力和策略管理能力都提出了很高的要求，敌人经验和挑战难度都极高。
6. 终极
终极难度是最难的模式，不仅需要玩家拥有高超的技巧和策略管理能力，而且需要对游戏机制有着非常深入的了解。
总体而言，奥特曼格斗进化3的难度等级设计非常有挑战性，玩家可以根据自己的实力和游戏经验来选择不同的难度级别来享受游戏。
