演变过程主要为三个方面:
1.议政王大臣会议。议政王大臣会议又称“国议”。满洲人入关之前，努尔哈赤在东北建立后金，后金政权的核心中央机构就是议政王大臣会议，其成员主要以后金满洲宗室王公、八旗贵族官员等组成，是后金辅助佐皇帝的主要核心中央机构。他们通过议政，对后金政权进行选贤任能、罢黜大臣，提出国家施政方针、决定军国大事，甚至还决定后金汗国的大汗废立。满洲人入关之后，清朝按照明朝模式建立起适合大一统的国家机构，但是议政王大臣会议却并没有立即废除，而是在适应新的统治需要上，进行了变化而存续，后续历经100多年，直到功能日趋减弱，到乾隆后期才废止。
2.内阁。内阁创自明朝，清朝沿袭明制。内阁是内廷殿阁的意思，是皇帝以下的权利中枢中心，内阁协助皇帝处理全国政务，是总理全国政务的中央机构。清朝入关之前，已经开设有协助大汗处理事务的内三院，入关之后以内三院担任内阁的职掌。
清朝内阁的主要官员有三殿（保和、文华、武英）三阁（体仁、文渊、东阁）大学士，满汉各二员，为正一品，位列百官之上。所谓某某阁某某殿大学士的前缀只是荣誉虚衔，并没有什么实际的重要意义。大学士主要辅助皇帝处理国家机要事务，而实际上更多的时候是要帮皇帝起草诏书、处理各种奏章等。雍正时期又增设协办大学士一职，满汉各一员，不加前缀殿阁，为从一品。协办大学士主要为六部中的尚书兼任。协办大学士其下，还设有内阁学士（从二品）、侍读学士（从四品）、侍读（正六品）、典籍（正七品）、中书（从七品）等官员。
主要机构还设有南北典籍厅、满本房、汉本房、蒙古房等附属机构，所设定额官员二百余名，远超明朝的内阁规模。不过和明朝相比，清朝内阁没有首辅，权力较为分散，加上清初还有议政王大臣会议并存，雍正时又设立了机要中枢——军机处。军机处专职机要，军国机要无不执掌。因此内阁权限减少，权力也相对降低。内阁所处理的也仅剩下例行公事的繁杂政务，直到宣统三年（1911年）建立近代责任内阁才撤销。宣统三年出台的责任内阁，内阁名单一出，就引起了轩然大波，13名内阁国务大臣，皇族就占了7名，被世人讥为“皇族内阁”。
3.军机处。军机处是“办理军机处”的简称，原主要为皇帝的机要秘书班子，设立于雍正七年（1729年），最开始主要是为了办理机密军务而临时设立，后期由于职掌扩大，机要军国大政无不囊括，权力和作用超过内阁，成为清朝最重要的中央机构。军机处只设立军机大臣、军机章京二职，军机大臣员额不定，有“大军机”之称，主要由皇帝根据事务情况决定安排，一般有四到八人，军机大臣主要为其他中央部门官员兼任，人员主要在大学士、各部尚书、侍郎、院寺堂官中遴选，部分在军机章京中升任。属官为军机章京，又称为“小军机”，主要从六部员司和内阁中书考选，还有就是从中央各部门中抽调人员进行任用。军机处成立后逐步取代了原来的议政王大臣会议和内阁，成为清朝军国大政的常设核心中枢机构 ，但是由于军机大臣的权力来自于皇帝的交办，军机大臣虽有宰相之职，却无宰相之权，只是清朝皇帝强化皇权的工具。
