从大陆漂到台湾的王船以「五府千岁」与「十二瘟王」为两大主流，虽然他们同为瘟王，却各有不同的时空背景，如今五府千岁在台湾各处庙宇、村落已成地方常驻守护神，十二瘟王仍保有神秘身份，仅在王船祭典期间塑其金身，接受朝礼祭拜，醮後即随王船火化，苏厝长兴宫则以祭祀十二瘟王为主。
大陆沿海地区施放王船的范围极广，各地祭祀的神祇亦有所差异，况且在王爷信仰中，有关王爷的定义并无标准可循，因此坐船来到台湾的王爷也就各有差异，各随因缘。长兴宫对於值年千岁的推算，另有不同之方式。金身为当年与前两年的值年王爷，在参与醮典，共享法筵，接受信众参拜、谢恩之後，随同王船火化，送回天曹。长兴宫应是最为正统的「瘟王庙」。一般庙宇内殿就是供奉主神的地方，几乎摆满了大大小小的神像。可是长兴宫的内殿却极为简洁，在浮雕龙壁前的神案上，摆著三张古雅的太师椅，椅上各立著一支金光闪耀的「王令」，代表千岁爷无上的神威。王令上也只有十二瘟王的总称，没有个别姓氏，因此每支长兴宫的王令都具有十二位瘟王爷的无上神威。康熙18年（西元1679年）3月间，一个夜晚，凉风徐徐，万籁俱寂，台江埔地上传来一阵悠扬的乐声；翌日清晨，苏厝甲的村民相偕前往一探究竟，见有一船滞留河滨，众人手持清香跪拜，船终於靠岸。村民登船探望，发现船舱内插著12支绸制令旗，上面写著「玉敕代天巡狩十二行瘟王」，即张、余、侯、耿、吴、何、薛、封、赵、谭、卢、罗等12府千岁。宫的主委「开杯」後开始杯选，最後，角逐出最多「圣杯」的人士，便是该科的瘟王醮典巡按官；其次依杯数多寡分别为主会首、副会首、协会首、都会首、赞会首。西元1772年清朝乾隆33年，长兴宫举行第一次建醮「十二瘟王祭」，有瘟王醮就有王船，当时全台第一艘王船从安定乡苏厝长兴宫航向天际，当地耆老接龙见证醮典盛事，并写下道教史实重要的一页。根据庙方表示，早期王船制作主要材料是竹子，以後改采木料之後，大大提高了王船的坚固及美观性。
