原因是：
首先，史学家普遍认为曾国藩能胜洪秀全乃是忠君主义战胜皇汉主义。那么问题来了，一个腐朽的胡虏王朝又有什么好忠的。这是因为这里的忠君不是单指忠于一家一姓的王朝。而是忠于传统的礼义廉耻国之四维的文化。清末民初时期也有不少汉族士大夫殉清。人们为逝者讳，往往就说这些前清遗老不是在殉清，而是在殉文化。甚至有部分殉清者自己在遗书里也这么说。这拥清者利用忠君思想维护清朝法统地位。这反清者自然要高举反满兴汉的大旗去反对清朝。但是单纯的反满兴汉并不能团结更多的底层民众。所以必须以宗教为手段，让更多看不到希望的底层民众团起来。而以宗教为手段，前期反清的新兴宗教。如白莲教、天理教等。教义荒诞不羁。教主往往胸无大志，纯以怪力乱神的戏法惶惑无识。传教之目的也多以敛财为主。如此粗浅的教义，自然难以团结多数，且白莲教只是统称，白莲教内部教派林立，犹如一盘散沙。自然难以形成团结的势力。与之相比，洪秀全所创的拜上帝教教义相对完善。教规极其严格。这些都导致太平天国前期能迅速发展。然而一国文化往往天然对外来宗教有一种排斥感。加之一神教天然的排他性。都使得太平天国难以融入主流文化。使得文化之争大于民族之争。最终使得曾国藩的忠君思想战胜洪秀全的反满思想。
其次，两个团队中高层的文化水平不一样。虽然曾国藩选兵采用的是传统的选兵法，专用朴实的乡勇。底层士兵的文化水平太平天国和湘军差不多都是大字不识。但是中上层文化水平差距就体现出来了。湘军中上层不乏进士出身的人才。太平天国其实一开始也不赖，韦昌辉是监生，石达开是武举人。虽然和湘军阵营比不算啥，但是在历代农民起义中算起步不错的了。然而其他农民起义领袖知道人才的重要性。山大王也知道抓个秀才做军师，实在不行请个江湖术士来当军师也行。等日后势力扩充，再壮大智囊团也不迟。而太平天国教国一体的政体，限制了人才的加入。不仅旧式文人不愿加入太平天国。新式人才也同样进不了太平天国决策层。五口通商之役以后，洋人吸收不了不少旧式不第秀才学习西学为己所用。教会也培养了不少贫寒人家子弟加入教会学习西学。既然这旧的士大夫清高不为太平天国所用，何不用新式人才呢。这就涉及到了太平天国后期的一个严重问题，制度僵化，腐化堕落。太平天国失之交臂的人才中，最为可惜的莫过于王韬，他是中国最早主张君主立宪的人才，并且很早就信仰基督。对太平天国并不排斥。他曾经冒着风险满怀希望的向洪秀全上万言书，希望洪秀全能采纳自己的建议，因此被时人讥讽为长毛状元。然而洪秀全连自己兄弟写的《资政新篇》尚且束之高阁，如何能去读乡野贤哲的万言书。反倒是湘军淮军平定了太平天国后。地方实力派开始搞洋务运动，吸收了这些新式人才。这洪秀全旧文人新文人都不用。比较有才华的韦昌辉、石达开也都因为内斗死的死，跑的跑。人才凋零焉有不亡之理。
最后，湘军相对而言具有主场优势。这湖南人的武力本来就比较强悍。太平天国在湖南吃了亏，连攻三个月的长沙而不克。这才不得已而北上。最终得以在长江中下游站稳脚跟。但是太平天国定都天京是顾头不顾腚。虽然北方人看来长江以南都是南方。但是在两广人看来长江一带是北方呀！两广和长江，正好就隔了一个湖南。曾国藩只要把湖南卡着。就像卡着太平天国的脖子。迟早会让太平天国窒息。事实上太平天国的嫡系自始至终都是那些广西兵。而广西带来的子弟兵死一个少一个，是不可再生资源。而湘军正好相反，湖南一直和清朝其他占领区是连成片的。这曾国藩专门用老家老实的农民，淳朴的乡勇。这些乡勇打赢战争了会起到模范作用，封妻荫子号召更多的同乡去打长毛。战死了，也会起到一定的刺激作用，激起亲友的愤怒杀长毛报仇。总之曾国藩有源源不断的炮灰来充入自己帐下。而太平天国的广西老表却是不可再生资源，打一个少一个。如此一正一负，自然是湘军越战势力越大，太平天国越战势力越衰落。而压死太平军的最后一根稻草，却是李鸿章效法老师，建立淮军。这一帮广东客家佬在人家徽京定都。经过安徽人同意了吗？而放眼整个长江中下游地区，比较能打的省份也就只有安徽了。然而安徽人自然不愿意直接做一帮客家佬的炮灰。于是洪秀全只能封建诸王，让皖北的那些捻军自行发展。太平天国前期拿下天京是靠广西老表。天京之乱后的中期完全是靠一帮以安徽人为首的外省人在扩张。而合肥李鸿章组建淮军可谓釜底抽薪。最终太平天国孤立无援，也就只能坐以待毙了。
洪秀全得不到广大士大夫阶层的支持，又失去了底层两广老表的奥援。最终失败也就再所难免。然而清廷的外强中干，也在太平天国起义之后暴露无遗。最终各族各界人民都抛弃这个腐败的胡虏政权，可谓顺天应人。
