主要指标有品级，长度，马克隆值，回潮率，含杂率，危害性杂物，短纤维率，超量处理，棉结等。
品级是指棉花品质的级别。根据棉花的成熟程度、色泽特征和轧工质量，分为7个级，7级以下为级外。品级标准级是3级。其中主体品级是指含有相邻品级的一批棉花中，所占比例80%及以上的品级。
棉花长度是指棉纤维伸直后的长度。国家标准规定：以1毫米为级距，采用“保证长度”的原则，从25毫米-31毫米共分为7个级。
马克隆值是反映棉花成熟程度和细度的综合指标，国家标准规定分为A、B、C三个级，标准级是B级。各级的范围是：
A级：3.7-4.2；
B级：B1(3.5-3.6)，B2(4.3-4.9)；
C级：3.4及以下，5.0及以上。
回潮率是指棉花中所含的水分与干纤维重量的百分比。国家标准规定，棉花公定回潮率为8.5%，回潮率最高限度为10.5%。
含杂率。国家标准规定棉花标准含杂率：皮辊棉为3.0%，锯齿棉为2.5%。
危害性杂物。要求棉花中严禁混入危害性杂物；棉花加工过程中，不得混入危害性杂物。
短纤维率。限量规定：品级标准级以上（即1、2级）的棉花应小于、等于12%，最高不得超过18%；品级标准级及下一级（即3、4级）的棉花应小于、等于15%，最高不得超过20%；其它品级棉花不作要求。
超量处理：品级标准级以上（即1、2级）棉花短纤维率大于12%小于或等于15%的，超出12%的部分，按超出百分率的一半相应扣减结算重量；短纤维率超过15%小于或等于18%的，超出12%的部分，按超出的百分率相应扣减结算重量。
品级标准级及下一级（即3、4级）棉花短纤维率大于15%小于或等于18%的，超出15%的部分，按超出百分率的一半相应扣减结算重量；短纤维率超过18%小于或等于20%的，超出15%的部分，按超出的百分率相应扣减结算重量。
棉结。限量要求：锯齿棉标准级以上每百克不超过500粒，标准级每百克不超过700粒，标准级以下不作要求。
