一直想要打败游戏重新夺回三张神之卡的海马濑人,为了找到能打败游戏的卡而去找贝卡斯,并且从贝卡斯那里了解到贝卡斯他确实有那样的卡片,于是海马用三张青眼白龙做赌注向贝卡斯挑战赌牌决斗并战胜了他,按照贝卡斯的预想,海马应该只从贝卡斯给他提供的牌组里拿走青眼光龙一张卡,但海马却拿走了两张卡,按照海马的作风,他是不会对贝卡斯牌组里的其他卡片感兴趣的,于是贝卡斯立刻就感到,事情不妙,想阻止,却无济于事。
另一方面,游戏在博物馆参观一批刚从埃及运回来的文物时,发现了一个与自己的千年积木相似的水晶做的金字塔,据说这是光之王的象征,正当他要仔细看时,旁边的木乃伊复活了!它夺走了水晶金字塔,还把游戏等人打昏,处于昏迷状态的游戏听到预言,说是光之王与暗之王战斗后破坏之王将会苏醒,并看到水晶金字塔与千年积木发生碰撞并毁了千年积木!就在大家从博物馆出来时,海马的挑战书到了,冥冥之中似乎在暗示什么。
到达海马处的游戏想阻止这场战斗,但海马却不听,游戏不得已决定用决斗来改变预言,但海马在诱引游戏召唤出三幻神后,面对三幻神一阵冷笑举起了一张卡,那边是那张与青眼光龙一起从贝卡斯那里得到的卡片------光之金字塔!,由于卡的力量,三幻神被消灭了,游戏的表面人格也被封印在千年积木里出不来了,海马却又以青眼的究极龙作祭品,召唤出那张贝卡斯所说的超越神的卡片------青眼光龙!并用它将游戏逼到了绝境,此时,那个将光之金字塔放入贝卡斯牌组,让游戏听到预言的幕后人终于出现了,他就是------
敬请期待!
本片可以说得上是第一部真正意义上的游戏王剧场版,唯美的画风,加上恰到好处的背景音乐,让人仿佛身临其境。与第一部剧场版那让人大呼上当的效果形成巨大反差,是不绝对容错过的视觉盛宴,夏日里的冰凉大餐!