市总工会机关设8个部室。
一、办公室（党风廉政建设办公室）
负责市总工会机关工作的协调、督查和服务工作；负责综合反映全市工会工作和职工队伍的重要情况与动态；协调和督查各级工会和本级机关各部门、驻会产业（系统、园区、开发区）工会及下属单位工作部署与要求的落实；负责与全市人大代表中职工、工会工作者和政协工会界别委员的联络工作，负责与全市工会代表大会代表、全委会委员、常务委员的联络工作和代表、委员提案的转办督办工作；承担市总工会重要会议和重大活动的组织协调工作；协助领导处理日常工作；负责机关的文秘、档案、保密、机要、信息统计和保卫工作；负责统一管理和协调全市工会对外联络工作，承担工会出访组团和来访接待工作；负责市总工会机关、下属事业单位的机构编制和人事管理工作；承担市总工会党风廉政建设工作。
二、调查研究室
负责工人运动、工会工作和产业工人队伍建设理论的研究工作；负责与职工利益密切相关的经济和社会政策问题的调查研究工作；负责市总工会确定的调研课题的调查研究、组织协调工作；负责重要文件和领导讲话的起草工作；负责涉及职工和工会工作文献、情报、资料、刊物的研究和编发工作。
三、组织部
负责县（区）总工会、市各产业（系统、园区、开发区）工会、基层工会的换届改选及领导干部协管的具体工作；负责全市工会代表大会和全体委员会议有关人事问题的组织工作；负责全市工会组织制度和工会领导体制、工会干部培训工作的统筹规划、宏观指导和综合管理；负责指导基层工会组织建设工作（包括女职工组织建设），制订基层工会组织建设规划和制度；指导基层工会队伍建设及会员会籍管理工作；指导基层工会规范化建设，指导开展“职工之家”活动，承担全国、自治区模范职工之家的推荐和管理工作，负责全市先进职工之家的评选表彰工作；指导和推动企事业单位开展民主管理工作，健全以职工代表大会为基本形式的民主管理制度，推进厂务公开制度化、规范化；推动公司制企业建立职工董事、职工监事制度；负责协同推进党工共建有关工作；指导县（区）工会与同级政府及其有关部门建立联席（联系）会议制度；负责联络、协调全市产业系统工会和垂直管理的产业工会工作；协调管理市总工会直管基层工会。
四、宣传教育和网络工作部
负责工会宣传教育工作；参与制定有关职工思想、教育、文体工作政策；负责制定全市工会宣传教育工作规划；负责劳动模范典型事迹的宣传；负责组织协调工会各项重点工作的宣传；负责工会的精神文明创建活动；调查研究和反映职工的思想状况；负责与新闻单位的联络和工会新闻发布工作；指导全市工会新闻和职工文化体育工作；研究制定全市工会网上工作规划；组织开展网上工会工作，负责建设符合广大职工需求的网上职工之家；承担市总工会并指导各级工会门户网站和网络平台建设工作，做好网上引导、动员和服务职工群众工作；研究制定、监督落实工会网络信息安全保密相关制度；培训管理工会网上工作队伍；与市有关部门及网络媒体沟通协调；统筹推进全市工会工作数据库建设管理。
五、权益保障部（女职工委员会办公室）
负责参与有关职工劳动就业、收入分配、社会保障以及女职工合法权益特别是特殊权益政策的研究、拟定；指导和组织实施全市工会困难职工帮扶工作，维护困难职工群体的合法权益；指导开展春送岗位、夏送清凉、秋送助学、冬送温暖“四季帮扶”等关爱活动；做好工会有关农民工的服务协调工作，维护农民工合法权益；负责对职工劳动福利事业有关制度的研究拟定和指导、协调工作；推动工会组织建立集体协商和监督保证机制，研究提出工会开展集体协商、签订集体合同的指导意见，推动建立产业（行业）的科学劳动标准，指导各级工会开展有关工作；依法维护女职工合法权益和特殊利益；负责市总工会女职工委员会办公室日常工作；参与对侵害女职工合法权益重大事件的调查处理；指导推动各级工会参与建立健全协调劳动关系三方机制，参与市协调劳动关系三方会议的日常工作。
六、劳动经济法律部
落实有关劳动安全卫生、经济、科技政策和法律法规；指导全市工会劳动保护安全生产工作；参加职工重大伤亡事故和严重职业危害的调查处理；参加国家、自治区级和北海市新建生产性工程项目的劳动安全卫生设施的审查验收；指导各级工会开展群众性劳动安全卫生活动和职工技术创新、职工技能提升等群众性劳动竞赛活动，提高产业工人队伍素质；组织、指导各级工会参与职工劳动安全卫生的培训和教育工作；承担全国、全区、北海市劳动模范和全国、广西五一劳动奖、工人先锋号以及广西工匠获得者的推荐、评选和管理工作，负责北海市五一劳动奖、工人先锋号和北海工匠获得者的推荐、评选、表彰和管理工作；负责维护职工队伍稳定工作的协调、督查和落实，建立与市有关部门会商机制；联系和引导劳动关系领域社会组织，推动社会综合治理，做好维稳和防范抵御工作；指导和承担工会法律援助与法律服务工作；配合有关部门开展普法宣传教育工作；负责市总工会职工律师团有关工作；负责指导全市基层工会法人资格登记工作；负责市总工会信访工作。
七、财务和资产管理部
负责贯彻执行国家和工会财会工作的法规、政策和制度，研究制定全市工会的财务管理体制和财务制度；审核县（区）总工会、直接管理工会经费的市产业（系统、园区、开发区）工会及下属单位经费的预、决算，管理本级留成的工会经费；做好工会经费的收缴、管理和使用；负责职工劳动福利事业财务体制的拟订和财务工作的指导、监督；负责工会资产和市总工会机关行政经费的管理工作；研究制订全市工会企事业发展规划、计划，指导和推进全市工会企事业的改革和发展；负责全市工会企事业资产的宏观管理，研究制定工会资产管理制度；组织开展工会资产管理和工会企事业理论研究，培训工会资产管理和工会企事业经营管理人员；履行市总工会出资人代表机构职责，对市总工会本级企事业单位资产进行监督和管理；负责事业发展资金的管理和使用。
八、经费审查委员会办公室
负责有关经费审查监督规章制度的制定工作；指导全市工会经费的审查监督工作；负责对市总工会机关及下属事业单位、全市各级工会财务预决算和经济活动的审计；负责对工会经费和各项基金使用情况的监督审查；负责市总工会机关领导干部、下属事业单位领导人员任期经济责任的离任审计；承担市总工会经费审查委员会的日常工作。
