第一阶段：博狂内战
1.「行动三部曲」
汽车人和霸天虎在地球的全新战斗！
《渗透行动》：因为一部掌机，三个地球少年误打误撞被卷入硅基外星生命体的战争……
《升级行动》：神秘特工组织「观天会」有何阴谋？汽车人飞毛腿和人类少年亨特遭到邪恶势力的实验折磨……
《毁灭行动》：霸天虎派出大杀器六面兽！头领战士登场！「收割者」大战霸天虎，这时意想不到的角色出现了……
2.《启示录》
即《英雄记》「狂飙」、「老顽固」、「无间行者」和「横炮」四话，引入「死亡空间」这一主题。
3.《变形金刚：威震天万岁》
本篇定位为宇宙「软重启」。
霸天虎占领地球，汽车人和人类落败！幸存组织转入地下，继续为生命和自由抗争……
4.《变形金刚：时空连续》
给新读者的一篇前情提要，可以自此快速切入剧情。
5.《变形金刚》
本篇没有副标题，故又称「无印」篇以便区分。
战胜霸天虎之后，地球上的汽车人和人类一边探索着坎坷的合作之路，一边抵抗霸天虎余党……
「为了全人类」：即1-6话。战争结束，擎天柱主动向人类请罪，地球上的汽车人们面临群龙无首的窘境……
「国际风云」：即7-12话。变形金刚与人类政治势力联手，会掀起何种波澜？
「霸天虎的复仇」：即13-18话。霸天虎卷土重来，挑起汽车人和人类争斗……
「黑暗之心」：即《黑暗之心》1-4话。惊破天等人对抗虚空之主！
「混沌理论」：即19-23话。威震天竟主动投降，过去的岁月在擎天柱和威震天的对话中逐渐揭开……
「警察行动」：即25、27、29话及《英雄记：警车》。警车等汽车人留在地球，调查斯派克·维特维奇的秘密……
「混沌降临」：即24、26、28、30和31话。惊破天意欲毁灭塞伯坦，汽车人和威震天共同迎战！手持领导模块的擎天柱面临重大抉择……
第二阶段：战后重建
战后故事分为《难以置信》和《随时变形状》双线同时进行。
6.《擎天柱之死》
一二阶段过渡篇，仅1话。
擎天柱深入思考自己在战后世界的定位后，做出了一个重大决定。
7.《难以置信》1-22话
补天士带领一批变形金刚登上「失落之光」号飞船，前去寻找传说中的「塞伯坦骑士团」。在此过程中，他们经历了种种冒险和考验……
8.《随时变形状》1-22话
战后的塞伯坦百废待兴。汽车人大黄蜂决定与前霸天虎红蜘蛛和「钉子户」代表铁鹰组建临时政府，不料更大的危机悄然袭来……
9.「黑暗前奏」
即《英雄记》「奥利安·派克斯」、「惊天雷」、「威震天」、「大黄蜂」、「开路先锋」和「滑车」六话，为后续事件作铺垫。
10.「黑暗塞伯坦」
第一次双线交汇事件，由《难以置信》第23至27话、《随时变形状》第23至27话、「黑暗塞伯坦」开篇和终篇组合而成。失落之光号回归塞伯坦，科学家震荡波的阴谋逐渐显露……
11.「汽车人的黎明」
再分双线，踏上新的征程！
《难以置信》28-33话：威震天变身汽车人，成为失落之光号舰长！但是飞船开始消失了……？
《随时变形状》28-32话：擎天柱带领部队重回地球，竟发现一支与人类结盟的霸天虎余党……？
12.「欺骗时代」
《难以置信》34-38话：小诸葛间谍身份暴露，补天士带队穿越回过去，阻止他改变历史……
《随时变形状》33-38话：擎天柱试图从惊破天手中救出贤者钛师傅，而他的副官警车正在与挖地虎密谋……
13.「合体战争」
由《随时变形状》第39至41话和《风刃2：远方的星星》第1至3话组合而成。各方势力争夺宝器「和合之秘」，组合金刚之战爆发！
14.「将暮之光」
即《难以置信》第39至55话。小诸葛事件和平解决，失落之光号又几经波折……然而过去追上了汽车人威震天。
15.「擎天柱万岁」
即《随时变形状》第42至55话。组合金刚之战结束，擎天柱带队返回塞伯坦，叛徒警车却失踪了。人类盟友帮助声波建立理想国，而其中有人似乎正在计划着什么……
16.「泰坦归来」
第二次双线交汇事件，由《泰坦归来》、《难以置信》第56和57话与《随时变形状》第56和57话组合而成。古老的泰坦头领们召集了一支泰坦大军，向塞伯坦攻来……
17.《失落之光》
即《难以置信》重命名。补天士和威震天等船员的冒险接近尾声，这段穿越了时空甚至生死的旅途，会以怎样的方式结束？
18.《擎天柱》
即《随时变形状》重命名。塞伯坦与失落的殖民地重新取得联系，组建起世界理事会。但他们要如何真正实现万众一心？
