果冻武术学院里本来是一个和谐的地方,果冻们在里面快乐地学习、玩耍。
不料有一天来了一个不速之客——贼眉鼠眼,他是四大恶贼之一。扰乱了学院里的安宁。方丈为了维护和平,把夜燕以及上官子怡等人赶到天山上。而自己则把师傅留下的三把宝剑赐予了橙留香、菠萝吹雪和陆小果。果宝特攻们听说大魔头东方求败和四大恶贼给七色彩莲下毒,残害村民,就下定决心要为民除害。
不料这是跑龙套小果叮的诡计:他派一些水果村民到处散布谣言,说东方求败开了一个水果加工厂,是水果们的地狱,让他们斗个两败俱伤。后来,一场官司证明了东方求败以及四大恶贼是清白的。小果叮带着四个跑龙套(木瓜小子、葡萄小子、吴杏儿和蓝莓村长)设计捉住了果元天尊的五个驾驶者(夜燕、无极、英雄、疯清扬、天山果姥),并且驾驶着果元天尊来和果宝特攻在花果山第七层打仗。花果山第七层可不是人人都可以上去的地方,它是一个倒立的三角形。以小果叮为首跑龙套们和以橙留香为首的果宝特攻们(橙留香、菠萝吹雪、陆小果、菠萝小薇、上官子怡、梨花诗和花如意)在第七层召唤了果宝机甲,就使第七层变得非常不稳定。魔霸天王(东方求败和四大恶贼)为了水果世界,为了支撑花果山第七层,不惜一切代价,抽干了火山能源,最后还启动了生命之源。而第七层又是一场激烈的战争。
果宝战神分体攻击对手。一开始占尽上风,可是后来梨花诗和菠萝小薇不幸被踩死,陆小果和花如意也因为双剑合壁进攻失败而死在台阶上,上官子怡为了救橙留香而牺牲,菠萝吹雪也因为偷袭失败而死。橙留香为了水果世界而开启生命之源,最终也牺牲了。本来小果叮就要赢了,谁知有一颗正义之心的果宝特攻们复活了,机甲也都黄金升级。本来可以打败对手,可是当橙留香得知魔霸天王的能源就要用光时,丢下武器,带领着果宝特攻们接替顶着第七层。小果叮因为没有当过好人的主角,所以救活了七色彩莲,水果世界重获新生,水果们大团圆!