以下是《碧蓝档案》的支线剧情梗概：1. 「奇异的邂逅」：舰娘们在海域巡逻时，发现了一艘漂浮海上的神秘船只。调查后发现，船只上有一位失忆的少女，舰娘们开始展开调查，试图找回她的记忆。2. 「海盗的威胁」：海域突然出现了一支海盗团伙，他们对商船进行袭击并抢劫。为了保护航线安全，舰娘们被派遣去追捕海盗首领并摧毁他们的基地。3. 「神秘的地下城」：在一次训练中，舰娘们意外闯入了一座神秘的地下城。他们必须面对各种陷阱和敌人，寻找出路并解开地下城的谜团。4. 「失落的宝藏」：在海底的遗迹中发现了一张古老的藏宝图，舰娘们决定前往寻找宝藏。他们面临着各种考验和怪物，必须合作解决难题并找到宝藏的所在。5. 「幽灵船事件」：有传闻说在某个海域出现了一艘幽灵船，舰娘们被派遣进行调查。他们发现船上的幽灵实际上是被诅咒的船员，必须找到解除诅咒的方法并拯救他们。6. 「战争遗址」：在一个被遗弃的岛屿上发现了一座战争遗址，舰娘们进入其中进行探险。他们必须面对被激活的机械守卫和其他障碍，寻找遗址中的秘密。每个支线剧情都有自己的故事情节和解谜任务，玩家需要带领舰娘们展开行动，解决问题并完成任务。除了支线剧情，主线剧情也会不断推进，揭示更多关于碧蓝航线世界的秘密和故事。
