完美的水晶只有在人造水晶中才能出现，天然水晶里都会带有些许的瑕疵，而这些瑕疵也正是天然形成的印证。下面是天然水晶常见的瑕疵和挑选水晶要注意的一些事项。
1.隐裂纹
在透明的水晶中，隐裂纹呈亮晶晶的片状，有时还会有晕彩效应。这些裂纹是水晶在生长过程中，遇到外力挤压而在内部产生的一些隐形裂纹，隐裂纹在芙蓉石、紫水晶、白水晶球及白水晶柱中都很常见。有的裂纹后来被物质填充，形成愈合的裂纹，也就是原来的裂纹又长住了。这种裂纹对水晶的影响相对要小一些。
2.棉、云雾或渣状包裹体
杂质在透明水晶内部有雾蒙蒙的现象或是感觉里面像有棉絮状、渣状物质一样的包裹体，这些包裹体的存在，影响水晶的整体美观。还有的水晶内局部含有黑斑或其他颜色的斑状物质，与水晶整体不协调，被视为水晶的杂质，有这种杂质的水晶是次品。
3.裂纹
水晶形成后由于外力作用或某种人为原因使水晶产生大的裂隙或裂纹，这种裂纹有大有小，对水晶的影响也有大小之分。
4.生长缺陷
水晶表面坑洼的地方，有的深，有的浅，这是水晶在成长过程中自然形成的，并非是人为造成的损伤。缺陷位置本来包有其他矿物晶体，由于包裹体和水晶结合部位的结合力不强，当表面抛光时，矿体脱落，留下空位。这种缺陷在绿幽灵、钛晶、金发晶上都比较常见。
5.损伤
损伤是指天然水晶由于加工或不小心摔掉、碰撞等原因，人为造成的损坏。
