故事的开始,保卫者为了杜绝潜伏者源源不断的恐怖活动特别制定了两套计划,一支装备精良的特种部队受命完成此次任务前往神秘营地与此同时另一支精锐侦察部队潜入去往美国利亚桑那州西北部的大峡谷中的潜伏者基地夺取生化武器,偷取一级机密文件。
但让保卫者没有想到的是潜伏者同时也对他们发起了进攻,水之城被攻占了下来,保卫者两支部队成功突袭占领了神秘营地并且偷取到大量秘密文件开始撤退,将机密文件带回了保卫者本部,但这次保卫者并不成功,水之城之战对保卫者来说完全没有准备同时断开了与水之城的联系也不知道里面发生了什么,征服向保卫者提出了拯救水之城的计划,一支由四人组成的特殊精英部队在夜晚潜入潜伏者占领区域,但他们其实进入了敌人的圈套,潜伏者大量的埋伏在这此,随着警报声拉响被生化武器感染的敌人一拥而上,保卫者与潜伏者的大战一触即发,但这支精锐的队伍坚持到了水之城天亮夺回了水之城。
后来经过调查发现了潜伏者的实验基地 瓦尔基里 ,瓦尔基里是保卫者毫无所知的一个地方,还有又是谁能够提出这样的情报?由于当时的威胁压力太严重保卫者不得不先发制人保卫者们为了更加安全的完成任务派出了在绝命之谷完成任务的侦查小队去侦查瓦尔基里,发现瓦尔基里的潜伏者的兵力部署无疑是送死,可是面对这样的挑战他们还是发起了进攻,侦察小组不得已开始于潜伏者的殊死决斗抵抗潜伏者们潮水般的进攻,保卫者们这一次又成功了,秘密侦察小组觉得此事必有问题,他们虽然活了下来却没有获得任何情报,就在当天晚上发生了一件意外,巨人城是一座以科技工业为傲的繁华都市但是在一瞬间整座城市淹没在了火海之中三小时前不明的破坏力量从天而降将巨人城变成了一片炼狱,巨人城发生这个事情不久后 保卫者就得到了消息,潜伏者声明这次巨人城空袭就是在瓦尔基里研究出来的生化武器并且背后的主谋不过是潜伏者中的内部分裂的一个极端组织 空袭巨人城并不是他们的本意,保卫者也在思考 是不是潜伏者打算以水之城为中心利用生化武器称霸全世界,但是不管事情是什么样子 真相永远在这巨人城中,世界联军也开始发出真正的力量了,派出GRX精英部队进入巨人城,这批战士肩负着消灭巨人城所以敌人目标并且把这场空袭背后的真相带回去的重担,四个人的部队进入了巨人城,潜伏者和保卫者的正面交锋正式开始!GRX部队最终还是夺回了巨人城,在成功夺回巨人城后 世界联军派出了搜救小分队,希望能够在废墟中找到幸存者想要进一步了